Thông tư quy định 04 Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia, gồm:
- Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về vệ sinh nước dùng trong chăn nuôi (ký hiệu: QCVN 01-39:2011/BNNPTNT), áp dụng đối với các trại chăn nuôi gia súc, gia cầm tập trung. Tiêu chuẩn nước dùng trong chăn nuôi gồm chỉ tiêu về hóa học như nồng độ P/H, độ cứng, tổng số chất rắn, hàm lượng sắt, đồng, chì kẽm...và chỉ tiêu về vi sinh vật. Chế độ giám sát có chế độ giám sát định kỳ 06 tháng/lần hoặc 01 năm/lần hoặc giám sát đột xuất khi xẩy ra các trường hợp: kết quả kiểm tra vệ sinh nguồn nước hoặc điều tra dịch tễ cho thấy nguồn nước có nguy cơ bị ô nhiễm; xảy ra sự cố môi trường có thể ảnh hưởng đến chất lượng vệ sinh nguồn nước; khi có các yêu cầu đặc biệt khác...
- Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về điều kiện vệ sinh thú y cơ sở kinh doanh thuốc thú y (ký hiệu: QCVN 01-40:2011/BNNPTNT), áp dụng đối với các cơ sở kinh doanh, xuất nhập khẩu, tồn trữ, bảo quản thuốc thú y; cửa hàng, đại lý bán thuốc thú y. Về điều kiện cơ sở vật chất, cơ sở kinh doanh phải ở nơi an toàn, cách xa nguồn ô nhiễm và không gây ảnh hưởng xấu đến môi trường xung quanh; có địa chỉ cố định; có biển hiệu ghi tên cửa hàng; có đăng ký kinh doanh và giấy phép kinh doanh; diện tích cửa hàng bán lẻ tối thiểu 10m2; tường và trần được làm bằng vật liệu bền, chắc chắn và kín để kiểm soát tác động xấu từ môi trường và động vật gây hại...Ngoài ra còn phải đáp ứng các điều kiện về trang thiết bị như quầy, tủ, giá, kệ để thuốc, quạt thông gió, hoặc thiết bị bảo quản lạnh...; điều kiện về hệ thống kho; hồ sơ, quản lý; kiểm soát động vật gây hại....
- Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về yêu cầu xử lý vệ sinh đối với việc tiêu huỷ động vật và sản phẩm động vật (ký hiệu: QCVN 01 - 41: 2011/BNNPTNT), áp dụng đối với hoạt động liên quan đến chăn nuôi, buôn bán, giết mổ, vận chuyển, kinh doanh động vật và sản phẩm động vật. Theo quy định chung về kỹ thuật, việc tiêu huỷ cần hoàn thành càng sớm càng tốt để hạn chế tối đa cơ hội phát tán của mầm bệnh; trong trường hợp chưa kịp tiêu hủy ngay, xác động vật và sản phẩm động vật phải được phun thuốc sát trùng; ưu tiên cho việc tiêu huỷ tại chỗ, chỉ vận chuyển đi xa khi không có đủ điều kiện tiêu huỷ tại chỗ; xác động vật, sản phẩm động vật tiêu huỷ phải được giám sát chặt chẽ nhằm ngăn ngừa các loài vật nuôi, côn trùng, động vật hoang dã phát tán mầm bệnh ra môi trường; động vật tiêu hủy phải được làm chết trước khi tiêu huỷ....
- Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về điều kiện vệ sinh thú y đối với cơ sở thử nghiệm, khảo nghiệm thuốc thú y (ký hiệu: QCVN 01 - 42: 2011/BNNPTNT), áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân có hoạt động trong lĩnh vực thử nghiệm, khảo nghiệm thuốc thú y trong lãnh thổ Việt Nam. Ngoài các yêu cầu chung như: địa điểm xây dựng phải phù hợp với quy hoạch sử dụng đất của địa phương, hoặc được các cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền cho phép; xây dựng cách biệt, cách xa trường học, bệnh viện, khu dân cư, nơi thường xuyên tập trung đông người, đường giao thông chính; nhà máy chế biến, giết mổ, chợ buôn bán động vật và sản phẩm động vật; có hàng rào hoặc tường bao quanh bảo đảm ngăn chặn được người, động vật từ bên ngoài xâm nhập vào cơ sở; có khu hành chính riêng biệt với khu chăn nuôi động vật thí nghiệm; có nơi vệ sinh, thay quần áo cho cán bộ, công nhân, khách tham quan; có kho chứa thức ăn cách biệt với khu chăn nuôi, thiết kế đáp ứng yêu cầu bảo quản; nơi sản xuất, chế biến và kho chứa thức ăn chăn nuôi phải cách biệt với nơi để các hoá chất độc hại; có chương trình kiểm soát, diệt trừ loài gặm nhấm và côn trùng gây hại, các cơ sở này còn phải đáp ứng các yêu cầu về chuồng nuôi, ao nuôi, bể nuôi, yêu cầu về động vật thử nghiệm, khảo nghiệm, chất lượng thức ăn, nước uống, vệ sinh thú ý, xử lý chất thải và bảo vệ môi trường ...
Thông tư này có hiệu lực ngày 06 tháng 11 năm 2011. Cục trưởng Cục Thú y, Thủ trưởng các cơ quan, tổ chức và cá nhân có liên quan có trách nhiệm tổ chức thực hiện.