Theo quy định, VAMC có thể thu hồi các khoản nợ xấu được mua bằng trái phiếu đặc biệt bằng nhiều hình thức: Số tiền thu được từ việc bán nợ, bao gồm cả trường hợp bán lại nợ cho chính tổ chức tín dụng bán nợ trước thời điểm trái phiếu đặc biệt đến hạn thanh toán; Số tiền thu từ các hoạt động khai thác, cho thuê, bán tài sản bảo đảm; Số tiền khách hàng vay trả nợ; Giá trị khoản góp vốn điều lệ, vốn cổ phần tại khách hàng vay do chuyển nợ thành vốn điều lệ, vốn cổ phần...
Đồng thời, VAMC được hưởng số tiền tương ứng với một tỷ lệ trên số tiền thu hồi nợ của VAMC. Trong thời hạn 15 ngày làm việc đầu tiên của tháng một hằng năm, tổ chức tín dụng bán nợ phải chuyển cho VAMC các khoản tạm ứng của năm trước liền kề tương ứng với một tỷ lệ trên số dư nợ gốc thực tế bình quân năm của các khoản nợ xấu được mua bằng trái phiếu đặc biệt, để VAMC có nguồn trang trải các chi phí liên quan đến xử lý nợ xấu.
Thông tư cũng quy định tỷ lệ số tiền thu hồi nợ VAMC được hưởng và tỷ lệ tiền tạm ứng các tổ chức tín dụng phải chuyển cho VAMC sẽ do Thống đốc NHNN quyết định sau khi thống nhất với Bộ trưởng Bộ Tài chính theo nguyên tắc: Đảm bảo VAMC có đủ nguồn thu bù đắp đầy đủ chi phí hoạt động; thúc đẩy xử lý nợ xấu; hạn chế rủi ro và chi phí trong xử lý nợ xấu; giảm thiểu chi phí cho TCTD bán nợ.
Về việc hoàn trả tiền tạm ứng, Thông tư quy định VAMC sử dụng các khoản thu trên số tiền thu hồi nợ để hoàn trả các khoản tạm ứng trên số dư nợ gốc. Khi trái phiếu đặc biệt đến hạn thanh toán hoặc VAMC đơn phương chấm dứt hợp đồng mua, bán nợ, VAMC sử dụng khoản thu trên số tiền thu hồi nợ và các khoản thu hợp pháp để hoàn trả khoản tạm ứng theo quy định của Bộ Tài chính về cơ chế tài chính đối với VAMC.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 26/9/2014. Các khoản nợ VAMC đã mua trong năm 2013 và 2014 được thực hiện theo quy định tại Thông tư này, thời điểm thực hiện thanh toán các khoản thu, tạm ứng, hoàn tạm ứng được thực hiện theo quyết định của Thống đốc NHNN.