Thông tư quy định việc thành lập Đoàn thanh tra phải căn cứ vào yêu cầu, nhiệm vụ, nội dung, phạm vi cuộc thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra, thành viên Đoàn thanh tra phải đáp ứng yêu cầu về năng lực, trình độ chuyên môn, nghiệp vụ theo quy định. Hoạt động của Đoàn thanh tra phải bảo đảm nguyên tắc chính xác, khách quan, công khai, dân chủ, kịp thời; không làm cản trở hoạt động bình thường của cơ quan, tổ chức, cá nhân là đối tượng thanh tra. Việc tiến hành thanh tra phải đúng nội dung, phạm vi, đối tượng, thời gian theo quyết định thanh tra; tuân thủ trình tự, thủ tục, thẩm quyền được quy định tại Luật thanh tra, các nghị định quy định chi tiết, hướng dẫn thi hành Luật thanh tra và Thông tư này.
Địa điểm làm việc của Đoàn thanh tra với đối tượng thanh tra, cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan tại trụ sở hoặc nơi tiến hành kiểm tra, xác minh. Thời gian làm việc của Đoàn thanh tra: trong giờ hành chính, trường hợp cần thiết phải làm việc ngoài giờ hành chính thì Trưởng đoàn thanh tra quyết định và phải chịu trách nhiệm về quyết định đó.
Trình tự, thủ tục tiến hành một cuộc thanh tra gồm các giai đoạn: chuẩn bị thanh tra, tiến hành thanh tra, kết thúc thanh tra. Trong đó, lưu ý, trước khi ban hành quyết định thanh tra, trong trường hợp cần thiết, thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước, Thủ trưởng cơ quan thanh tra nhà nước, thủ trưởng cơ quan thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành chỉ đạo việc thu thập thông tin, tài liệu, nắm tình hình để phục vụ cho việc ban hành quyết định thanh tra. Căn cứ nội dung thanh tra, kế hoạch tiến hành thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra có trách nhiệm chủ trì cùng thành viên Đoàn thanh tra xây dựng đề cương yêu cầu đối tượng thanh tra báo cáo. Trước khi công bố quyết định thanh tra ít nhất 05 ngày, Trưởng đoàn thanh tra có văn bản gửi đối tượng thanh tra kèm theo đề cương yêu cầu báo cáo, văn bản phải nêu rõ cách thức báo cáo, thời gian nộp báo cáo. Chậm nhất là 15 ngày kể từ ngày ký quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra có trách nhiệm công bố quyết định thanh tra với đối tượng thanh tra. Việc công bố quyết định thanh tra phải lập thành biên bản, biên bản có chữ ký giữa Trưởng đoàn thanh tra và đối tượng thanh tra. Chậm nhất là 15 ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc việc tiến hành thanh tra tại nơi được thanh tra, thành viên Đoàn thanh tra có trách nhiệm báo cáo bằng văn bản với Trưởng đoàn thanh tra về kết quả thực hiện nhiệm vụ được giao và phải chịu trách nhiệm về tính chính xác, khách quan, trung thực về nội dung báo cáo đó. Căn cứ vào báo cáo của thành viên Đoàn thanh tra và kết quả nghiên cứu hồ sơ, tài liệu, Trưởng đoàn thanh tra chủ trì xây dựng báo cáo kết quả thanh tra của Đoàn. Người ra quyết định thanh tra xem xét, xử lý báo cáo của Trưởng đoàn thanh tra, chỉ đạo Trưởng đoàn hoàn thiện Dự thảo kết luận thanh tra để trình ký ban hành. Trong thời hạn 10 kể từ ngày ký kết luận thanh tra, người ra quyết định thanh tra có trách nhiệm thực hiện công khai kết luận thanh tra theo quy định.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/12/2014. Thông tư này bãi bỏ Thông tư số 02/2010/TT-TTCP ngày 02/3/2010; Quyết định số 2151/2006/QĐ-TTCP ngày 10/11/2006; Quyết định số 2894/2008/QĐ-TTCP ngày 23/12/2008 sửa đổi Quyết định số 2151/2006/QĐ-TTCP; Quyết định số 1131/2008/QĐ-TTCP ngày 17/6/2008.