Hồ sơ cấp Giấy phép sản xuất phân bón hữu cơ và phân bón khác gồm: Đơn đề nghị cấp Giấy phép sản xuất phân bón hữu cơ và phân bón khác; Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh trong đó có ngành nghề sản xuất phân bón; Bản sao chứng thực (hoặc bản sao mang theo bản chính để đối chiếu) Giấy chứng nhận phù hợp với quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về điều kiện sản xuất phân bón hữu cơ và phân bón khác; Bản sao chụp Quyết định phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường; Bản sao giấy tờ, tài liệu chứng minh việc đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật về phòng, chống cháy nổ; Bản sao Kế hoạch an toàn - vệ sinh lao động; danh sách đội ngũ quản lý, kỹ thuật, điều hành và danh sách người lao động trực tiếp sản xuất. Tổ chức, cá nhân gửi một bộ hồ sơ đề nghị cấp Giấy phép sản xuất phân bón hữu cơ và phân bón khác qua đường bưu điện hoặc gửi trực tiếp cho Cục Trồng trọt.
Thông tư hướng dẫn điều kiện kinh doanh phân bón hữu cơ và phân bón khác như sau: Cửa hàng hoặc địa điểm kinh doanh, nơi bày bán phải có biển hiệu, bảng giá bán công khai niêm yết tại nơi dễ thấy, dễ đọc; bao bì, các dụng cụ, thiết bị chứa đựng, lưu giữ và phương tiện vận chuyển bảo đảm chất lượng, không rò rỉ, phát tán ra ngoài; có kho chứa hoặc hợp đồng thuê kho chứa; có chứng từ, hóa đơn hợp pháp về nguồn gốc nơi sản xuất, nơi nhập khẩu hoặc nơi cung cấp đối với từng loại phân bón hữu cơ, phân bón khác.
Đối với việc nhập khẩu phân bón, tổ chức, cá nhân phải xuất trình cho Cơ quan Hải quan giấy tờ, tài liệu: Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh trong đó có ngành nghề phân bón do cơ quan có thẩm quyền cấp; Bản sao chứng thực hoặc bản sao mang theo bản chính để đối chiếu Giấy chứng nhận hợp quy hoặc phiếu kết quả thử nghiệm lô phân bón nhập khẩu do Phòng thử nghiệm phân bón được chỉ định cấp hoặc Phiếu kết quả thử nghiệm/Giấy chứng nhận do một tổ chức thử nghiệm hoặc tổ chức chứng nhận phân bón của nước ký kết Hiệp định/Thỏa thuận thừa nhận lẫn nhau (MRA) với Việt Nam cấp.
Để quản lý chất lượng phân bón hữu cơ và phân bón khác, Thông tư còn hướng dẫn việc công bố hợp quy và công bố tiêu chuẩn áp dụng phân bón hữu cơ và phân bón khác.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 29 tháng 12 năm 2014.
Thông tư này thay thế Thông tư số 36/2010/TT-BNNPTNT ngày 24/6/2010 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành Quy định sản xuất, kinh doanh và sử dụng phân bón; Thông tư số 52/2010/TT-BNNPTNT ngày 09/9/2010 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về hướng dẫn khảo nghiệm, công nhận, đặt tên phân bón mới.