Theo đó, một số chế độ ưu tiên được áp dụng như: miễn kiểm tra chứng từ liên quan thuộc hồ sơ hải quan, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc kiểm tra ngẫu nhiên để đánh giá sự tuân thủ pháp luật; được làm thủ tục hải quan bằng tờ khai hải quan chưa hoàn chỉnh trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan của cơ quan hải quan; được cơ quan hải quan ưu tiên kiểm tra thực tế hàng hóa trước bằng máy soi đối với trường hợp kiểm tra ngẫu nhiên để đánh giá tuân thủ khai báo hải quan; doanh nghiệp được đưa hàng hóa nhập khẩu về kho của doanh nghiệp để bảo quản trong khi chờ kết quả kiểm tra chuyên ngành; được hoàn thuế trước, kiểm tra sau….
Điều kiện để được áp dụng chế độ ưu tiên bao gồm: trong thời hạn 02 năm liên tục, gần nhất tính đến thời điểm doanh nghiệp có văn bản đề nghị công nhận doanh nghiệp ưu tiên, doanh nghiệp không vi phạm các quy định của pháp luật thuế, hải quan tới mức bị xử lý vi phạm; doanh nghiệp đạt kim ngạch xuất khẩu từ 100 triệu USD/năm trở lên; thực hiện thủ tục hải quan điện tử, thủ tục thuế điện tử, có chương trình công nghệ thông tin quản lý hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp đảm bảo yêu cầu kiểm tra cơ quan hải quan; doanh nghiệp thực hiện và duy trì các quy trình quản lý, giám sát, kiểm soát vận hành thực tế toàn bộ hoạt động của doanh nghiệp….
Thông tư cũng quy định trách nhiệm quản lý của cơ quan hải quan, định kỳ 03 năm Tổng cục Hải quan đánh giá các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên, đánh giá tuân thủ pháp luật hải quan, pháp luật về thuế để tự động gia hạn chế độ ưu tiên cho doanh nghiệp ưu tiên.
Thông tư này có hiệu lực sau 45 ngày kể từ ngày 12/5/2015. Thông tư này thay thế Thông tư số 86/2013/TT-BTC ngày 27/6/2013 và Thông tư số 133/2013/TT-BTC ngày 24/9/2013 của Bộ Tài chính.