Theo Thông tư liên tịch, Ban Quản lý là cơ quan trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh cấp tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với khu công nghiệp, khu chế xuất, khu kinh tế ven biển, khu kinh tế cửa khẩu và tổ chức cung cấp dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất kinh doanh cho nhà đầu tư trong khu công nghiệp, khu kinh tế. Ban Quản lý chịu sự chỉ đạo và quản lý về tổ chức, biên chế, công chức, viên chức, chương trình kế hoạch công tác và kinh phí hoạt động của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh. Ban Quản lý có tư cách pháp nhân; tài khoản và con dấu mang hình quốc huy; sử dụng kinh phí quản lý hành chính nhà nước, kinh phí hoạt động sự nghiệp và vốn đầu tư phát triển do ngân sách nhà nước cấp theo kế hoạch hàng năm; nguồn kinh phí khác theo quy định pháp luật.
Ban Quản lý thực hiện 12 nhóm nhiệm vụ, quyền hạn, trong đó có nhiệm vụ: trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh các văn bản quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý, điều kiện, tiêu chuẩn chức danh đối với Trưởng, Phó các đơn vị thuộc Ban Quản lý…; trình Chủ tịch UBND cấp tỉnh các văn bản thuộc thẩm quyền ban hành của Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh về lĩnh vực khu công nghiệp, khu kinh tế; tiếp nhận, cấp, điều chỉnh, thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư đối với các dự án đầu tư thuộc thẩm quyền theo quy định của pháp luật về đầu tư; tổ chức thẩm định và phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường đối với các dự án trong khu công nghiệp, khu kinh tế theo ủy quyền của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh; Thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về lao động theo hướng dẫn của Bộ Lao động thương binh và xã hội; Cấp, cấp lại, sửa đổi, bổ sung và gia hạn Giấy phép thành lập văn phòng đại diện thương mại của tổ chức và thương nhân nước ngoài đặt trụ sở tại khu công nghiệp, khu kinh tế theo hướng dẫn của Bộ Công Thương; …
Về cơ cấu tổ chức và biên chế, Ban Quản lý có Trưởng Ban và không quá 03 (ba) Phó Trưởng Ban. Việc bổ nhiệm Trưởng Ban và Phó Trưởng Ban, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, miễn nhiệm, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện các chế độ chính sách khác đối với Trưởng ban và Phó Trưởng ban do Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định theo quy định của pháp luật. Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý bao gồm: các phòng chuyên môn, nghiệp vụ; Văn phòng Ban Quản lý; Văn phòng đại diện tại khu công nghiệp, khu kinh tế (nếu có); đơn vị sự nghiệp công lập (nếu có). Số lượng các phòng chuyên môn, nghiệp vụ không quá 05 phòng.
Thông tư liên tịch này có hiệu lực kể từ ngày 19/10/2015.