Theo Thông tư, nguyên tắc phân cấp vùng rủi ro ô nhiễm và phân vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo được quy định như sau: Việc phân cấp vùng rủi ro ô nhiễm và phân vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo được thực hiện trên từng ô bờ, ô ven bờ, ô biển; Việc phân cấp vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo phải căn cứ vào các thông tin, số liệu đo đạc, quan trắc các thành phần môi trường và sử dụng các công cụ tính toán, mô phỏng quá trình phát thải, lan truyền, biến đổi, chuyển hóa chất gây ô nhiễm trong môi trường biển và hải đảo; Việc phân vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo phải căn cứ vào kết quả tính toán, xác định giá trị của các chỉ số tương ứng với các tiêu chí phân cấp vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo đối với từng ô và được thể hiện trên bản đồ theo quy định của pháp luật về thành lập bản đồ chuyên đề.
Ngoài ra, Thông tư còn quy định về việc phân chia các ô để phân cấp vùng rủi ro và phân vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo như sau: Vùng biển và hải đảo Việt Nam được phân chia thành các ô bờ, ô ven bờ và ô biển; các ô có hình chữ nhật; Việc xác định ô bờ phải căn cứ vào đặc điểm, điều kiện tự nhiên, địa chất, địa mạo của đường bờ, các hệ sinh thái vùng đất ven biển, các hoạt động kinh tế - xã hội ở vùng đất ven biển; chiều dài cạnh lớn của ô không lớn hơn khoảng cách từ đường mực nước triều cao trung bình nhiều năm đến đường mép nước biển thấp nhất trung bình trong nhiều năm; Việc xác định ô ven bờ phải căn cứ vào chế độ động lực, các hệ sinh thái vùng biển ven bờ, các hoạt động kinh tế - xã hội ở vùng bờ; chiều dài cạnh lớn của ô không lớn hơn 06 hải lý; Việc xác định ô biển phải căn cứ vào đặc điểm, tính chất về chế độ hải văn, các hoạt động khai thác, sử dụng tài nguyên biển và hải đảo; chiều dài cạnh lớn của ô không lớn hơn 12 hải lý.
Thông tư cũng quy định, cấp rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo của từng ô bờ, ô ven bờ, ô biển được xác định theo giá trị của các chỉ số tương ứng với các tiêu chí phân cấp vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo của mỗi ô theo quy định. Theo đó, màu xanh được áp dụng với cấp rủi ro ô nhiễm thấp; màu vàng với cấp rủi ro ô nhiễm trung bình; màu cam với cấp rủi ro ô nhiễm cao và màu đỏ với cấp rủi ro ô nhiễm rất cao.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/11/2016.