Theo quy định tại Thông tư này, các vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật như: Cây và các bộ phận của cây còn sống được sử dụng để trồng trọt; quả tươi; cỏ và hạt cỏ các loại; sinh vật có ích và sinh vật sống khác có nguy cơ gây hại tài nguyên thực vật; gỗ tròn, gỗ xẻ chưa qua xử lý kiểm dịch thực vật và các vật thể khác có nguy cơ cao mang theo dịch hại thuộc diện điều chỉnh của pháp luật, lần đầu tiên nhập khẩu vào Việt Nam hoặc có xuất xứ mới phải được phân tích nguy cơ dịch hại trước khi nhập khẩu vào Việt Nam từ ngày 27/9/2012.
Cũng theo Thông tư này, khi có bằng chứng khoa học và thực tế về sự bùng phát dịch hại kiểm dịch thực vật hoặc dịch hại thuộc diện điều chỉnh hoặc khi phát hiện dịch hại kiểm dịch thực vật của Việt Nam trên vật thể nhập khẩu hoặc dịch hại thuộc diện điều chỉnh nhưng không phải dịch hại kiểm dịch thực vật của Việt Nam trên giống cây nhập khẩu hay khi nước xuất khẩu đưa ra biện pháp quản lý dịch hại mới, các vật thể nêu trên đều phải được xem xét và đánh giá lại kết quả phân tích nguy cơ dịch hại đã có.
Trong một số trường hợp cụ thể, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn có thể quyết định miễn phân tích nguy cơ dịch hại đối với vật thể.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 27/9/2012.