Thông tư này quy định về điều kiện đối với các cơ sở y tế thực hiện tiêm chủng; quy trình vận chuyển, tiếp nhận, bảo quản và cấp phát văc xin; tổ chức tiêm chủng; giám sát, xử trí phản ứng sau tiêm chủng; thẩm quyền, hồ sơ, thủ tục cấp mới, cấp lại, đình chỉ, thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện tiêm chủng.
Theo đó, các cơ sở y tế được thực hiện tiêm chủng bao gồm: Bệnh viện, phòng khám đa khoa, phòng khám bác sỹ gia đình, nhà hộ sinh và Trạm y tế xã, phường, thị trấn đã có giấy phép hoạt động theo quy định pháp luật về khám bệnh, chữa bệnh; cơ sở y tế dự phòng. Đối với cơ sở tiêm chủng cố định, ngoài quy định điều kiện cơ sở vật chất, Thông tư còn quy định về trang thiết bị và nhân sự. Trong đó trang thiết bị bao gồm: phương tiện bảo quản văc xin theo đúng quy định: tủ lạnh, các thiết bị theo dõi nhiệt độ tại nơi bảo quản và trong quá trình vận chuyển vắc xin, đối với Trạm Y tế xã chưa có tủ lạnh thì phải có phích vắc xin hoặc hòm lạnh để bảo quản vắc xin; Thiết bị tiêm, các dụng cụ, hóa chất để sát khuẩn và các vật tư cần thiết khác; Hộp chống sốc và phác đồ chống sốc treo tại nơi theo dõi và xử trí phản ứng sau tiêm chủng theo quy định của Bộ Y tế; Dụng cụ chứa vỏ lọ vắc xin, chất thải y tế theo quy định của Bộ Y tế. Về nhân sự, có tối thiểu 03 nhân viên chuyên ngành y, trong đó có ít nhất 01 nhân viên có trình độ chuyên môn từ y sỹ trở lên, đối với cơ sở tiêm chủng tại các vùng sâu, vùng xa, vùng đặc biệt khó khăn phải có tối thiểu 02 nhân viên chuyên ngành y, trong đó có ít nhất 01 nhân viên có trình độ chuyên môn từ y sỹ trở lên. Đối với điểm tiêm chủng lưu động, chỉ thực hiện đối với vắc xin trong Chương trình Tiêm chủng mở rộng khi tổ chức chiến dịch tiêm chủng hoặc tại các vùng sâu, vùng xa, vùng đặc biệt khó khăn theo quyết định của Giám đốc Sở Y tế Tỉnh; được thực hiện bởi Trạm Y tế xã đã được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện tiêm chủng, phải có tối thiểu 02 nhân viên chuyên ngành y, trong đó có ít nhất 01 nhân viên có trình độ chuyên môn từ y sỹ trở lên.
Khi nhận, cấp phát văc xin, cán bộ tiếp nhận, cán bộ cấp phát phải kiểm tra và lưu giữ các thông tin như ngày nhận (ngày cấp phát), tên, loại văc xin, hàm lượng…Văc xin phải được bảo quản đúng nhiệt độ theo đăng ký của nhà sản xuất với Bộ Y tế. Trong quy định về tổ chức tiêm chủng, trong khi tiêm cần kiểm tra nhiệt độ bảo quản, hạn dùng, đối chiếu với chỉ định sử dụng văc xin, thực hiện đúng các bước trong tiêm chủng. Sau khi tiêm chủng, yêu cầu người được tiêm chủng ở lại cơ sở tiêm chủng tối thiểu 30 phút để theo dõi, hướng dẫn và phối hợp với gia đình hoặc người được tiêm chủng cách theo dõi và chăm sóc trẻ tại nhà ít nhất 24 giờ sau tiêm. Trường hợp xảy ra tai biến nặng sau tiêm chủng, phải dừng ngay buổi tiêm chủng, xử trí cấp cứu, chẩn đoán nguyên nhân tai biến nặng sau tiêm chủng; trường hợp vượt quá khả năng thì phải chuyển người bị tai biến nặng sau tiêm chủng đến bệnh viện gần nhất. Đồng thời, Sở Y tế có trách nhiệm điều tra làm rõ nguyên nhân.
Bên cạnh đó, Thông tư cũng quy định Giám đốc Sở Y tế có thẩm quyền cấp mới, cấp lại giấy chứng nhận đủ điều kiện tiêm chủng đối với các cơ sở tiêm chủng cố định đóng trên địa bàn, giấy chứng nhận này có hiệu lực 05 năm kể từ ngày cấp. trình tự, thủ tục để được cấp giấy chứng nhận, các trường hợp đình chỉ hoạt động và thu hồi giấy chứng nhận cũng được quy định cụ thể trong Thông tư này.
Ngoài ra, Thông tư cũng quy định trách nhiệm của các cá nhân, tổ chức có liên quan trong việc quản lý, sử dụng văc xin trong tiêm chủng. Theo đó, Bộ Y tế chủ trì, phối hợp với các Vụ, Cục liên quan để chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra việc sử dụng vắc xin trên phạm vi cả nước; thông tin tuyên truyền về an toàn tiêm chủng, lợi ích của việc sử dụng vắc xin và các phản ứng có thể gặp sau tiêm chủng, tổ chức hoạt động thanh tra, kiểm tra chuyên ngành theo quy định của pháp luật. Cục Quản lý Dược có trách nhiệm thẩm định, xét duyệt, cấp số đăng ký lưu hành vắc xin; quản lý xuất khẩu, nhập khẩu vắc xin theo quy định. Sở Y tế có trách nhiệm chỉ đạo việc triển khai các hoạt động tiêm chủng mở rộng, tiêm chủng dịch vụ theo các quy định của Bộ Y tế; cơ sở tiêm chủng chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc thực hiện các hoạt động chuyên môn theo đúng chức năng, nhiệm vụ được giao....
Ban hành kèm theo Thông tư là 10 mẫu Phụ lục bao gồm: mẫu đơn đề nghị cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện tiêm chủng, mẫu bảng kê khai nhân sự, mẫu bảng kê khai trang thiết bị...
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/6/2014.