Thông tư này áp dụng đối với sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp, công nhân viên chức quốc phòng, lao động hợp đồng hành nghề khám bệnh, chữa bệnh; cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thuộc Bộ Quốc phòng và các cơ quan, đơn vị, cá nhân có liên quan.
Hồ sơ đề nghị cấp chứng chỉ hành nghề gồm: Đơn đề nghị cấp chứng chỉ hành nghề (theo mẫu) và hai ảnh (04 cm x 06 cm) được chụp trên nền trắng trong thời gian không quá 06 tháng tính đến ngày nộp đơn; bản sao (có chứng thực) văn bằng hoặc chứng nhận trình độ chuyên môn đối với lương y hoặc giấy chứng nhận bài thuốc gia truyền hoặc phương pháp chữa bệnh gia truyền do Bộ trưởng Bộ Y tế hoặc Giám đốc Sở Y tế cấp tỉnh hoặc Cục trưởng Cục Quân y cấp; Giấy xác nhận quá trình thực hành (trừ trường hợp là lương y, người có bài thuốc gia truyền hoặc có phương pháp chữa bệnh gia truyền theo quy định tại Khoản 2 Điều 18 Luật Khám bệnh, chữa bệnh); Sơ yếu lý lịch có xác nhận của thủ trưởng cơ quan, đơn vị nơi công tác từ cấp trung đoàn và tương đương trở lên (đối với người hành nghề thuộc biên chế chính thức của đơn vị).
Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quyết định cấp chứng chỉ hành nghề đối với người hành nghề thuộc Bộ Quốc phòng. Trong một số trường hợp cụ thể, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng có thể ủy quyền cho Cục trưởng Cục Quân y quyết định cấp chứng chỉ hành nghề đối với người hành nghề thuộc Bộ Quốc phòng.
Trình tự cấp chứng chỉ hành nghề: Người đề nghị cấp chứng chỉ hành nghề gửi 01 bộ hồ sơ theo hệ thống ngành dọc quân y đến bộ phận thường trực Tổ thẩm định hồ sơ. Trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ Tổ thẩm định hồ sơ tổ chức thẩm định. Nếu hồ sơ đủ điều kiện theo quy định, Tổ thẩm định tổng hợp, lập danh sách gửi Cơ quan thường trực Hội đồng thẩm định. Trong thời hạn 30 ngày, Hội đồng thẩm định tiến hành thẩm định, xét duyệt hồ sơ. Nếu hồ sơ đủ điều kiện, không có yêu cầu bổ sung thì Hội đồng thẩm định đề nghị Bộ trưởng Bộ Quốc phòng cấp, cấp lại chứng chỉ hành nghề.
Người đề nghị cấp chứng chỉ hành nghề phải có thời gian thực hành phù hợp với văn bằng chuyên môn được đào tạo: Đối với bác sĩ đa khoa thực hành tại các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thuộc Bộ Quốc phòng hoặc dân y theo khối nội và khối ngoại, tổng thời gian thực hành là 18 tháng, trong đó thời gian thực hành tại mỗi khối là 09 tháng; đối với y sĩ đa khoa thực hành tại các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thuộc Bộ Quốc phòng hoặc dân y, thời gian thực hành là 12 tháng; các đối tượng còn lại thực hành tại các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thuộc Bộ Quốc phòng hoặc dân y, thời gian thực hành là 09 tháng.
Thông tư cũng quy định về điều kiện cấp giấy phép hoạt động với bệnh viện, bệnh xá, phòng khám bệnh, quân y cơ quan, quân y đơn vị; Hồ sơ, thẩm quyền trình tự cấp, cấp lại, điều chỉnh Giấy phép hoạt động đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh này.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 05 tháng 6 năm 2014.