Theo đó, về quy định đăng ký hợp tác xã, khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan đăng ký hợp tác xã yêu cầu người đến làm thủ tục nộp bản sao hợp lệ giấy chứng minh nhân dân hoặc hộ chiếu còn hiệu lực. Nếu hồ sơ hợp lệ thì cơ quan đăng ký hợp tác xã ghi giấy biên nhận và trao cho người nộp hồ sơ. Trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ thì cơ quan đăng ký hợp tác xã yêu cầu người đến làm thủ tục bổ sung, hoàn thiện hồ sơ. Cơ quan đăng ký hợp tác xã không được yêu cầu hợp tác xã nộp thêm bất kỳ giấy tờ nào khác ngoài các giấy tờ được pháp luật quy định. Cơ quan đăng ký họp tác xã thực hiện việc xử lý hồ sơ trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ hợp lệ.
Trong đăng ký thành lập hợp tác xã, hợp tác xã gửi tới cơ quan đăng ký hợp tác xã nơi hợp tác xã dự định đặt trụ sở chính 01 bộ hồ sơ đăng ký thành lập hợp tác xã, gồm giấy đề nghị đăng ký thành lập hợp tác xã (theo mẫu); điều lệ của hợp tác xã; phương án sản xuất kinh doanh; danh sách thành viên; danh sách hội đồng quản trị, giám đốc, ban kiểm soát hoặc kiểm soát viên; nghị quyết của hội nghị thành lập về những nội dung quy định tại Khoản 3 điều 20 Luật Hợp tác xã đã được thông qua. Cơ quan đăng ký hợp tác xã cấp giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã cho hợp tác xã trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ hợp lệ.
Khi thành lập chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, hợp tác xã gửi tới cơ quan đăng ký hợp tác xã nơi đặt chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh 01 bộ hồ sơ đăng ký gồm các văn bản như: thông báo về việc đăng ký thành lập chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh; bản sao hợp lệ giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã; nghị quyết của đại hội thành viên về việc mở chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của hợp tác xã; quyết định bằng văn bản của Hội đồng quản trị về việc cử người đại diện chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh… Cơ quan đăng ký hợp tác xã cấp giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của hợp tác xã trong 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ hợp lệ, đồng thời bổ sung vào hồ sơ đăng ký hợp tác xã. Ngoài ra, Nghị định còn quy định về tạm ngừng, chấm dứt hoạt động của chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh hợp tác xã; thay đổi cơ quan đăng ký hợp tác xã… Hợp tác xã có quyền khiếu nại tới cơ quan có thẩm quyền theo quy định pháp luật hiện hành trong trường hợp không được cấp giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã hoặc không được đăng ký thay đổi nội dung đăng ký hợp tác xã mà không có văn bản yêu cầu sửa đổi, bổ sung của cơ quan đăng ký hợp tác xã.
Về chế độ thông tin báo cáo của cơ quan đăng ký hợp tác xã, định kỳ vào tuần thứ nhất của tháng cơ quan đăng ký hợp tác xã cấp huyện tổng hợp, báo cáo kết quả đăng ký hợp tác xã của tháng trước trên địa bàn huyện gửi cơ quan đăng ký cấp tỉnh; định kỳ vào tuần thứ nhất của qúy cơ quan đăng ký hợp tác xã cấp tỉnh báo cáo, tổng hợp kết quả đăng ký hợp tác xã, liên hợp tác xã của quý trước trên địa bàn tỉnh gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Về chế độ báo cáo về tình hình hoạt động của hợp tác xã, chậm nhất là ngày 15 tháng 01 hàng năm, hợp tác xã báo cáo trung thực đầy đủ, chính xác bằng văn bản tình hình hoạt động của hợp tác xã của năm trước đó với cơ quan đăng ký hợp tác xã. Chậm nhất vào ngày 28 tháng 02 hàng năm, cơ quan đăng ký hợp tác xã cấp huyện tổng hợp, báo cáo tình hình hoạt động của hợp tác xã của năm trước đó trên địa bàn huyện gửi cơ quan đăng ký hợp tác xã cấp tỉnh. Chậm nhất vào ngày 31 tháng 03 hàng năm, cơ quan đăng ký hợp tác xã cấp tỉnh tổng hợp, báo cáo tình hình hoạt động của hợp tác xã, liên hợp tác xã của năm trước đó trên địa bàn tỉnh gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Bộ Kế hoạch và Đầu tư, cơ quan đăng ký hợp tác xã cấp tỉnh, cấp huyện tổng hợp, gửi các cơ quan có liên quan cùng cấp.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 8 năm 2014, thay thế Thông tư số 05/2005/TT-BKH ngày 15/12/2005.