Theo đó, Nghị định số 69/2015/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Điểm a Khoản 1 Điều 1, Khoản 2 Điều 4, Điều 14, bổ sung khoản 4a vào Điều 18, Khoản 6 Điều 24, Điều 29, Khoản 2 Điều 30, Khoản 1 Điều 44.
Theo đó, Tổng công ty (TCT) Đường sắt Việt Nam có quyền xây dựng kế hoạch đầu tư, cải tạo, nâng cấp kết cấu hạ tầng đường sắt trình Bộ Giao thông vận tải; xây dựng dự toán ngân sách về quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt; xây dựng phương án hoạt động ứng phó sự cố thiên tai, cứu nạn đường sắt trình cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt (trước đây, có quyền lập quy hoạch đầu tư, cải tạo, nâng cấp kết cấu hạ tầng đường sắt).
Trước đây, TCT Đường sắt Việt Nam có quyền xây dựng, trình cơ quan có thẩm quyền ban hành hoặc được cơ quan có thẩm quyền ủy quyền ban hành giá sản phẩm dịch vụ công ích, giá vật tư phụ tùng, thiết bị chuyên dùng do TCT sản xuất cho công tác bảo trì, sửa chữa kết cấu hạ tầng đường sắt sau khi có ý kiến thống nhất bằng văn bản của Bộ Tài chính thì đến nay TCT Đường sắt Việt Nam chỉ có quyền đề xuất, kiến nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành giá sản phẩm dịch vụ công ích do TCT sản xuất cho công tác bảo trì, sửa chữa kết cấu hạ tầng đường sắt theo quy định của pháp luật.
Nghị định số 69/2015/NĐ-CP quy định thêm một nghĩa vụ của Tổng công ty Đường sắt Việt Nam khi tham gia hoạt động công ích là: Tổ chức thực hiện quản lý kỹ thuật kết cấu hạ tầng đường sắt để đảm bảo an toàn chạy tàu và an toàn giao thông đường sắt. Tổ chức cứu hộ, cứu nạn, đảm bảo an ninh, trật tự, an toàn giao thông vận tải đường sắt theo quy định.
Nghị định này giảm chức danh Phó Tổng giám đốc xuống còn 05 người (trước đây Tổng công ty Đường sắt Việt Nam có 07 Phó Tổng giám đốc); bổ sung Chi nhánh Khai thác đường sắt Hà Nội, Lào Cai, Hà Lào, Hà Lạng, Hà Thái Hải, Hà Thanh, Nghệ Tĩnh, Thừa Thiên - Huế, Nghĩa Bình, Phú Khánh, Sài Gòn và Chi nhánh Ga Đồng Đăng vào Phụ lục I Mục A. Bổ sung Công ty TNHH một thành viên Vận tải đường sắt Hà Nội; Công ty TNHH một thành viên Vận tải đường sắt Sài Gòn và Công ty TNHH một thành viên Xe lửa Gia Lâm vào danh mục các công ty do Tổng công ty Đường sắt Việt Nam nắm giữ 100% vốn điều lệ tại Mục I Phụ lục II. Bổ sung Công ty cổ phần Đầu tư phát triển hạ tầng và đô thị Đường sắt; Công ty cổ phần Đầu tư và Xây dựng Giao thông vận tải; Công ty cổ phần In đường sắt Sài Gòn và Công ty cổ phần In Đường sắt vào danh sách các công ty do Tổng công ty Đường sắt Việt Nam nắm giữ dưới 50% vốn điều lệ tại Mục III Phụ lục II.
Bên cạnh đó, Nghị định số 69/2013/NĐ-CP bãi bỏ Điểm o Khoản 1 Điều 1; Khoản 3 Điều 2; Khoản 2, 3, 8, 15, 16 và 17 Điều 14; Khoản 3, 4, 5 Mục A, Khoản 5, 9 và 10 Mục B Phụ lục I; Khoản 22, 23, 24 Mục I; Khoản 1, 3 và 7 Mục II; Khoản 13, 14 và 16 Mục III Phụ lục II của Nghị định số 175/2013/NĐ-CP; Thay cụm từ “Đường sắt Việt Nam” thành cụm từ “Tổng công ty Đường sắt Việt Nam” và thay cụm từ “tổ hợp công ty mẹ - công ty con” thành cụm từ “nhóm công ty mẹ - công ty con”.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 10/10/2015.