Trong đó, đáng chú ý là quy định về những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, bao gồm: Hàng hóa, phương tiện vận tải được đưa vào lãnh thổ Việt Nam do sự kiện bất ngờ, sự kiện bất khả kháng và có thông báo với Chi cục Hải quan hoặc Đội Kiểm soát hoặc Hải đội kiểm soát trên biển hoặc Cục Hải quan tỉnh, thành phố, chính quyền địa phương nơi gần nhất chậm nhất không quá 03 ngày từ ngày đưa hàng hóa, phương tiện vận tải vào lãnh thổ Việt Nam; Nhập khẩu hàng hóa, vật phẩm vi phạm quy định về khai hải quan nhưng do doanh nghiệp bưu chính, chuyển phát nhanh thay mặt chủ hàng làm thủ tục hải quan và không có căn cứ xác định có sự thông đồng giữa người gửi hàng, người nhận hàng, người làm thủ tục hải quan nhằm mục đích gian lận…
Cũng theo Thông tư này, cá nhân, tổ chức bị xử phạt vi phạm hành chính về hải quan mà chậm nộp tiền phạt so với thời hạn thi hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính, ngoài việc phải nộp đủ số tiền nộp phạt thì cứ mỗi ngày chậm nộp phạt phải nộp thêm 0,05%/ngày tính trên tổng số tiền phạt chưa nộp. Thời gian xem xét, quyết định giảm, miễn phần còn lại hoặc cho phép nộp tiền phạt nhiều lần không tính là thời gian chậm nộp tiền phạt.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/12/2016.