Ngày 25/10/2016, Bộ Y tế đã ban hành Thông tư số 37/2016/TT-BYT hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Y tế huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố thuộc thành phố trực thuộc Trung ương.
Theo đó, Trung tâm Y tế huyện là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Sở Y tế, có tư cách pháp nhân, có trụ sở, con dấu, tài khoản riêng được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định của pháp luật. Trung tâm Y tế huyện có chức năng cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng và các dịch vụ y tế theo quy định của pháp luật.
Với chức năng nêu trên, Trung tâm Y tế huyện có các nhiệm vụ, quyền hạn như: Thực hiện các hoạt động phòng chống dịch bệnh truyền nhiễm, HIV/AIDS, bệnh lây nhiễm, bệnh chưa rõ nguyên nhân; tiêm chủng phòng bệnh; y tế trường hợp; phòng, chống các yếu tố nguy cơ tác động lên sức khỏe, phát sinh, lây lan dịch, bệnh; quản lý và nâng cao sức khỏe cho người dân; thực hiện các hoạt động bảo vệ môi trường đối với cơ sở y tế; vệ sinh sức khỏe và sức khỏelao động, phòng chống bệnh nghề nghiệp, tai nạn thương tích; thực hiện các hoạt động phòng chống ngộ độc thực phẩm trên địa bàn; thực hiện sơ cứu, cấp cứu, khám bệnh, chữa bệnh và phục hồi chức năng; thực hiện ký hợp đồng với cơ quan bảo hiểm xã hội để tổ chức khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế…
Lãnh đạo Trung tâm Y tế huyện bao gồm Giám đốc và các Phó Giám đốc. Trung tâm Y tế huyện có các Phòng chức năng sau: Phòng Tổ chức - Hành chính; Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ; Phòng Tài chính - Kế toán; Phòng Điều dưỡng. Ngoài ra, Trung tâm Y tế huyện còn có 12 Khoa chuyên môn, trong đó có: Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS; Khoa Y tế công cộng và Dinh dưỡng; Khoa An toàn thực phẩm; Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản; Khoa Khám bệnh/Phòng khám đa khoa; Khoa Hồi sức cấp cứu; Khoa Nội tổng hợp… Số lượng người làm việc của Trung tâm Y tế huyện được xác định trên cơ sở vị trí việc làm theo chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động của các tổ chức theo quy định Thông tư này và nằm trong tổng số người làm việc của các đơn vị sự nghiệp công lập của tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương được cấp có thẩm quyền giao hoặc phê duyệt.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 10/12/2016; thay thế Quyết định số 26/2005/QĐ-BYT ngày 09/09/2005 của Bộ Y tế.