Về người nộp phí, lệ phí, bao gồm: Công dân Việt Nam khi làm thủ tục đề nghị cơ quan có thẩm quyền tại Việt Nam cấp các giấy tờ liên quan đến hộ chiếu, thông hành, xuất cảnh phải nộp lệ phí theo quy định tại Thông tư này; Người nước ngoài khi làm thủ tục đề nghị cơ quan có thẩm quyền tại Việt Nam cấp thị thực hoặc các giấy tờ về cư trú, xuất cảnh, nhập cảnh phải nộp phí theo quy định tại Thông tư này. Cơ quan thuộc Bộ Công an, Bộ Ngoại giao và Bộ Quốc phòng thực hiện cấp hộ chiếu, thị thực, giấy tờ về xuất cảnh, nhập cảnh hoặc cư trú là tổ chức thu phí, lệ phí theo quy định tại Thông tư này.
Theo Thông tư, lệ phí gia hạn hộ chiếu là 100.000 đồng/lần cấp, trong khi trước đây không quy định. Mức lệ phí cấp mới hộ chiếu, cấp lại hộ chiếu do bị hỏng hoặc bị mất vẫn giữ nguyên như trước đây lần lượt là 200.000 đồng/lần cấp và 400.000 đồng/lần cấp; Lệ phí cấp Giấy thông hành biên giới Việt Nam - Lào hoặc Việt Nam - Campuchia; Giấy thông hành xuất, nhập cảnh vùng biên giới cho cán bộ, công chức làm việc tại các cơ quan Nhà nước có trụ sở đóng tại huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh của Việt Nam tiếp giáp với đường biên giới Việt Nam - Trung Quốc; Giấy thông hành nhập xuất cảnh cho công dân Việt Nam sang công tác, du lịch các tỉnh, thành phố biên giới Trung Quốc tiếp giáp Việt Nam là 50.000 đồng/lần cấp.
Về Giấy phép xuất cảnh, lệ phí cấp Giấy phép xuất cảnh; cấp công hàm xin thị thực được Thông tư này quy định lần lượt là 200.000 đồng/lần cấp và 10.000 đồng/lần cấp.
Về đối tượng miễn phí gồm: Khách mời (kể cả vợ hoặc chồng, con) của Đảng, Nhà nước, Chính phủ, Quốc hội hoặc của lãnh đạo Đảng, Nhà nước, Chính phủ, Quốc hội mời với tư cách cá nhân; Viên chức, nhân viên của các cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự nước ngoài và cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế tại Việt Nam và thành viên của gia đình họ; Người nước ngoài vào Việt Nam để thực hiện công việc cứu trợ hoặc giúp đỡ nhân đạo cho các tổ chức, cá nhân Việt Nam. Đối với trẻ em, hộ nghèo, người cao tuổi, người khuyết tật, người có công với cách mạng, đồng bào dân tộc thiểu số ở các xã có điều kiện kinh tế-xã hội đặc biệt khó khăn.