Theo Thông tư, doanh nghiệp kinh doanh vận tải đường sắt khi sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt để chạy tàu phải nộp phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt theo quy định. Không thu phí đối với việc kiểm tra, sửa chữa, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt; phục vụ phòng chống lụt bão và cứu hộ, cứu nạn đường sắt; phục vụ nhu cầu quốc phòng và an ninh quốc gia.
Cũng theo Thông tư, mức phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt được xác định là 8% trên doanh thu kinh doanh vận tải đường sắt.
Về kê khai, nộp phí Thông tư quy định, doanh nghiệp kinh doanh vận tải đường sắt thực hiện kê khai, nộp phí theo tháng, quyết toán năm theo hướng dẫn tại khoản 3 Điều 19 và khoản 2 Điều 26 Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP của Chính phủ; nộp 100% số tiền phí vào ngân sách Nhà nước (ngân sách Trung ương) theo chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách Nhà nước.
Doanh nghiệp kinh doanh vận tải đường sắt được hạch toán khoản tiền phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt phải nộp vào chi phí hợp lý của hoạt động kinh doanh vận tải đường sắt khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.
Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2017. Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/ 01/2017. Thay thế các nội dung liên quan đến phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt quy định tại Thông tư số
21/2008/TT-BTC ngày 04 tháng 3 năm 2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc hướng dẫn phương thức và mức thu phí, giá thuê sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia do Nhà nước đầu tư. Các nội dung khác liên quan đến thu, nộp, chứng từ thu, công khai chế độ thu phí không đề cập tại Thông tư này được thực hiện theo quy định tại Luật phí và lệ phí; Nghị định số
120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí; Thông tư số
156/2013/TT-BTC ngày 06 tháng 11 năm 2013 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế và Nghị định số
83/2013/NĐ-CP ngày 22 tháng 7 năm 2013 của Chính phủ; Thông tư số
153/2012/TT-BTC ngày 17 tháng 9 năm 2012 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn việc in, phát hành, quản lý và sử dụng các loại chứng từ thu tiền phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế (nếu có)./.