Theo quy định trong Thông tư này, hoá đơn điện tử là tập hợp các thông điệp dữ liệu điện tử về bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ, được khởi tạo, lập, gửi, nhận, lưu trữ và quản lý bằng phương tiện điện tử. Hóa đơn điện tử được khởi tạo, lập, xử lý trên hệ thống máy tính của tổ chức đã được cấp mã số thuế khi bán hàng hóa dịch vụ và được lưu giữ trên máy tính của các bên theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử. Hóa đơn đã lập dưới dạng giấy nhưng được xử lý, truyền hoặc lưu giữ bằng phương tiện điện tử không phải là hóa đơn điện tử.
Hóa đơn điện tử chỉ có giá trị pháp lý khi thỏa mãn đồng thời 02 điều kiện là: Có sự đảm bảo đủ tin cậy về tính toàn vẹn của thông tin chứa trong hóa đơn; và thông tin chứa trong hóa đơn điện tử có thể truy cập, sử dụng được dưới dạng hoàn chỉnh khi cần thiết. Trường hợp người bán lựa chọn sử dụng hóa đơn điện tử khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán có trách nhiệm thông báo cho người mua về định dạng hóa đơn điện tử, cách thức truyền nhận hóa đơn điện tử.
Để được khởi tạo hóa đơn điện tử, người bán hàng hóa, dịch vụ phải đáp ứng các điều kiện sau: là tổ chức kinh tế có đủ điều kiện và đang thực hiện giao dịch điện tử trong khai thuế với cơ quan thuế hoặc trong hoạt động ngân hàng; Có đội ngũ người thực thi đủ trình độ, khả năng tương xứng với yêu cầu để khởi tạo, lập và sử dụng hóa đơn điện tử; Có chữ ký điện tử; Có phần mềm bán hàng hóa, dịch vụ kết nối với phần mềm kế toán; Có quy trình sao lưu dữ liệu, khôi phục dữ liệu, lưu trữ dữ liệu.
Tổ chức trước khi khởi tạo hóa đơn điện tử phải ra quyết định áp dụng hóa đơn điện tử gửi cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp bằng văn bản giấy hoặc văn bản điện tử, trước khi sử dụng hóa đơn điện tử phải lập Thông báo phát hành hóa đơn điện tử gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Tổ chức kinh doanh có thể đồng thời tạo nhiều hình thức hóa đơn khác nhau và phải thực hiện thông báo phát hành từng hình thức hóa đơn theo quy định.
Trường hợp hóa đơn điện tử đã lập và gửi cho người mua nhưng chưa giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ hoặc hóa đơn điện tử đã gửi cho người mua mà người bán và người mua chưa kê khai thuế, nếu phát hiện sai thì chỉ được hủy khi có sự đồng ý và xác nhận của người bán và người mua. Người bán thực hiện lập hóa đơn điện tử mới, trên hóa đơn mới phải có dòng chữ “hóa đơn này thay thế hóa đơn số…, ký hiệu, gửi ngày tháng năm.
Trường hợp hóa đơn điện tử đã lập và gửi cho người mua, đã giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ, người bán và người mua đã kê khai thuế, sau đó phát hiện sai sót thì người bán và người mua phải lập văn bản thỏa thuận có chữ ký điện tử của cả hai bên ghi rõ sai sót, đồng thời người bán lập hoá đơn điện tử điều chỉnh sai sót. Hoá đơn điện tử lập sau ghi rõ điều chỉnh (tăng, giảm) số lượng hàng hoá, giá bán, thuế suất thuế giá trị gia tăng, tiền thuế giá trị gia tăng cho hoá đơn điện tử số…, ký hiệu…
Người bán hàng hóa được chuyển đổi hóa đơn điện tử sang hóa đơn giấy để chứng minh nguồn gốc xuất xứ hàng hoá hữu hình trong quá trình lưu thông và chỉ được chuyển đổi một (01) lần. Người mua, người bán được chuyển đổi hóa đơn điện tử sang hóa đơn giấy để phục vụ việc lưu trữ chứng từ kế toán theo quy định của Luật Kế toán.
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 01/5/2011; ngoài các nội dung hướng dẫn cụ thể tại Thông tư này, các nội dung khác được thực hiện theo quy định tại Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 và Thông tư số 153/2010/TT-BTC ngày 28/9/2010.