Cơ quan được thu lệ phí đăng ký giao dịch bảo đảm và phí cung cấp thông tin về giao dịch bảo đảm gồm: Trung tâm Đăng ký giao dịch, tài sản của Cục Đăng ký quốc gia giao dịch bảo đảm thuộc Bộ Tư pháp; cơ quan đăng ký tàu biển Việt Nam; văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất thuộc Phòng Tài nguyên và Môi trường quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh; Ủy ban nhân dân xã trong trường hợp được Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất cấp huyện ủy quyền thực hiện. Trong đó, Cục đăng ký quốc gia giao dịch bảo đảm thuộc Bộ Tư pháp là cơ quan được thu phí và sử dụng dịch vụ khách hàng thường xuyên tại đơn vị.
Mức thu lệ phí đăng ký giao dịch bảo đảm áp dụng tại các Trung tâm Đăng ký và tại các Cơ quan đăng ký tàu biển Việt Nam được quy định như sau:
+ Đăng ký giao dịch bảo đảm: 80.000 đồng/hồ sơ.
+ Đăng ký văn bản thông báo về việc xử lý tài sản bảo đảm: 70.000 đồng/hồ sơ.
+ Đăng ký thay đổi nội dung giao dịch bảo đảm đã đăng ký: 60.000 đồng/hồ sơ.
+ Xóa đăng ký giao dịch bảo đảm: 20.000 đồng/hồ sơ.
+ Mức thu cung cấp thông tin về giao dịch bảo đảm: 30.000 đồng/trường hợp.
+ Mức thu phí sử dụng dịch vụ khách hàng thường xuyên tại Cục Đăng ký quốc gia giao dịch bảo đảm: 300.000 đồng/khách hàng/năm.
Trung tâm Đăng ký được trích để lại 85% trên tổng số tiền phí, lệ phí thu được trước khi nộp vào ngân sách nhà nước để: Sử dụng 80% trang trải chi phí công việc, dịch vụ thu phí, lệ phí theo chế độ quy định; trích nộp 5% trang trải chi phí cho việc vận hành, duy trì hệ thống đăng ký trực tuyến. Các cơ quan đăng ký tàu biển Việt Nam được trích để lại 50% trên tổng số tiền phí, lệ phí thu được trước khi nộp vào ngân sách nhà nước.
Cục đăng ký quốc gia giao dịch bảo đảm được trích để lại 85% trên tổng số tiền phí sử dụng dịch vụ khách hàng thường xuyên thu được trước khi nộp vào ngân sách.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 02/7/2011, thay thế Thông tư liên tịch số 03/2007/TTLT-BTC-BTP ngày 10/01/2007 và Thông tư liên tịch số 36/2008/TTLT-BTC-BTP ngày 29/4/2008 của liên Bộ Tài chính, Bộ Tư pháp sửa đổi, bổ sung Thông tư liên tịch số 03/2007/TTLT-BTC-BTP hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng lệ phí đăng ký và phí cung cấp thông tin về giao dịch bảo đảm.