Việc chuyển kinh phí vào tài khoản tiền gửi của các đơn vị theo nguyên tắc sau: BHXH thuộc Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, Ban Cơ yếu Chính phủ và Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội: mỗi quý chuyển một lần vào trước ngày 10 của tháng đầu trong quý, số tiền chuyển mỗi lần bằng mức bình quân một quý của dự toán được giao. Đối với các đơn vị thuộc Bảo hiểm xã hội Việt Nam, việc chuyển kinh phí được thực hiện hàng tháng theo quy định của Bảo hiểm xã hội Việt Nam.
Mức lệ phí chi trả lương hưu, trợ cấp BHXH cho các đối tượng được quy định thống nhất là 0,78% tổng số chi trả các chế độ lương hưu, trợ cấp BHXH theo quy định (trừ khoản chi đóng bảo hiểm y tế). Mức lệ phí chi trả trợ cấp thất nghiệp bằng 0,78% tổng số chi trả chế độ trợ cấp thất nghiệp cho người đang hưởng trợ cấp thất nghiệp theo quy định.
Thông tư này cũng quy định việc quản lý và sử dụng tiền sinh lời của hoạt động đầu tư từ các quỹ bảo hiểm như sau: Kết thúc năm tài chính, BHXH Việt Nam tổng hợp toàn bộ số tiền sinh lời thực thu được trong năm của hoạt động đầu tư từ các quỹ bảo hiểm và tiền lãi phát sinh trên tài khoản tiền gửi các quỹ bảo hiểm thực hiện phân bổ theo quy định tại khoản 3 Điều 7 Quyết định số 04/2011/QĐ-TTg. Đối với số tiền lãi phân bổ vào quỹ BHXH bắt buộc được bổ sung vào quỹ hưu trí, tử tuất.
Việc trích lập và sử dụng quỹ dự phòng rủi ro trong hoạt động đầu tư từ các quỹ bảo hiểm, mức trích bằng 2% tổng số tiền sinh lời thực thu được trong năm của hoạt động đầu tư từ các quỹ bảo hiểm.
Về chi quản lý bộ máy gồm các nội dung chi: Chi thường xuyên (chi tiền lương, tiền công, phụ cấp lương và các khoản đóng góp theo lương), chi quản lý hành chính và chi thường xuyên đặc thù {chi phục vụ công tác thu, chi phục vụ công tác chi (không bao gồm chi lệ phí chi trả lương hưu, trợ cấp bảo hiểm xã hội, trợ cấp thất nghiệp), chi làm sổ bảo hiểm xã hội, thẻ bảo hiểm y tế; chi phí in, mua biểu mẫu, chứng từ, báo cáo dùng cho chuyên môn; chi tuyên truyền, phổ biến chế độ, chính sách pháp luật về bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế;….}.
Đối với BHXH thuộc Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, Ban Cơ yếu Chính phủ, các nội dung chi gồm: Chi thường xuyên cho số lao động hợp đồng do Thủ trưởng đơn vị tuyển dụng theo quy định của pháp luật (chi tiền lương, tiền công, phụ cấp lương và các khoản đóng góp theo lương theo chế độ do Nhà nước quy định; chi quản lý hành chính) và chi thường xuyên đặc thù và chi không thường xuyên được xác định trên cơ sở nhiệm vụ được giao và mức chi theo chế độ quy định.
Đối với các đơn vị thuộc ngành lao động, việc chi cho hoạt động quản lý bảo hiểm thất nghiệp được quy định như sau: Chi thường xuyên (tiền lương, tiền công, phụ cấp lương và các khoản đóng góp theo lương; chi quản lý hành chính); Chi thường xuyên đặc thù (chi hỗ trợ công tác phối hợp chỉ đạo, thanh tra, kiểm tra, giám sát; thực hiện các thủ tục giải quyết chế độ bảo hiểm thất nghiệp; Chi phí in, mua biểu mẫu, chứng từ, báo cáo dùng cho chuyên môn; Chi phí bảo quản, lưu trữ hồ sơ tài liệu theo quy định…); Chi không thường xuyên (Chi đào tạo lại và bồi dưỡng nghiệp vụ cho cán bộ; chi nghiên cứu khoa học; chi mua sắm trang thiết bị và phương tiện làm việc…).
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/11/2011; các quy định tại Thông tư này được thực hiện từ năm ngân sách 2011. Bãi bỏ Thông tư số 58/2007/TT-BTC ngày 12/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn quản lý tài chính đối với Bảo hiểm xã hội Việt Nam và Thông tư số 82/2008/TT-BTC ngày 30/9/2008 của Bộ Tài chính về sửa đổi, bổ sung một số điểm của Thông tư số 58/2007/TT-BTC ngày 12/6/2007 hướng dẫn quản lý tài chính đối với Bảo hiểm xã hội Việt Nam; Điều 5 Thông tư số 96/2009/TT-BTC ngày 20/5/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ tài chính đối với quỹ bảo hiểm thất nghiệp.