Quy trình quản lý an toàn hoạt động bay sẽ bao gồm: Thu thập dữ liệu; phân tích dữ liệu; ưu tiên xử lý các điều kiện không an toàn; xây dựng, triển khai thực hiện chính sách, chiến lược về an toàn; phân định trách nhiệm thực hiện của Cục Hàng không Việt Nam, các doanh nghiệp cung cấp ANS (dịch vụ bảo đảm hoạt động bay); đánh giá và đánh giá lại tình huống, sự cố; thu thập bổ sung dữ liệu.
Bên cạnh đó, các biện pháp ngăn ngừa và tăng cường an toàn cho hoạt động bay được Thông tư quy định như sau:
Trong trường hợp có vi phạm hoặc không còn đáp ứng đủ tiêu chuẩn, quy định; điều kiện cấp giấy phép nhân viên, giấy phép khai thác hệ thống thiết bị và cơ sở cung cấp ANS, phép bay, giấy chứng nhận, văn bản cho phép hoặc các văn bản khác thuộc thẩm quyền cấp hoặc ban hành của Cục Hàng không Việt Nam, Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam có thể áp dụng các hình thức: Yêu cầu đình chỉ thực hiện chuyến bay để ngăn ngừa việc uy hiếp an toàn bay; tạm đình chỉ, đình chỉ có thời hạn, thu hồi, thay đổi nội dung - phạm vi hoạt động của giấy phép, giấy chứng nhận, văn bản cho phép; tái kiểm tra để cấp lại giấy phép, giấy chứng nhận, văn bản cho phép hoặc các văn bản khác liên quan.
Về các biện pháp tăng cường an toàn hoạt động bay, Thông tư quy định, Cục Hàng không Việt Nam áp dụng các biện pháp cụ thể sau: In ấn, tổ chức phổ biến các văn bản quy định hướng dẫn về an toàn hoạt động bay cho các cá nhân, tổ chức liên quan; in ấn, phổ biến bằng các hình thức thích hợp về các kinh nghiệm, bài học liên quan trên thế giới và tại Việt Nam cho các cá nhân, tổ chức liên quan trực tiếp đến hoạt động bay; tổ chức thực hiện, giám sát kết quả thực hiện các khuyến cáo an toàn của các cuộc điều tra tai nạn tàu bay, sự cố trong lĩnh vực hoạt động bay; tổng kết, đánh giá và phân tích định kỳ hàng năm việc thực hiện quản lý an toàn hoạt động bay; tổ chức khắc phục các hạn chế, đề nghị liên quan nhằm hoàn thiện các công tác về quản lý an toàn và SMS (hệ thống quản lý an toàn); tổ chức huấn luyện, đào tạo về an toàn hoạt động bay.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 08/12/2011.