Về bồi thường, hỗ trợ tài sản, công trình trên đất khi thu hồi đất, Nghị định quy định đối với công trình xây dựng trước khi phạm vi bảo vệ công trình đường sắt, hành lang an toàn giao thông đường sắt được công bố theo quy định của pháp luật thì chủ công trình được bồi thường, hỗ trợ khi thu hồi đất theo quy định pháp luật về đất đai. Đối với công trình xây dựng sau khi phạm vi bảo vệ công trình đường sắt, hành lang an toàn giao thông đường sắt được công bố theo quy định của pháp luật thì chủ công trình phải tự dỡ bỏ và không được bồi thường, hỗ trợ khi thu hồi đất, trừ các công trình được phép xây dựng theo quy định của Luật Đường sắt
Cũng theo quy định trong Nghị định này, tại điểm giao cắt đồng mức giữa đường sắt và đường bộ không bố trí người gác, không được xây dựng công trình trong phạm vi góc cắt tầm nhìn của người điều khiển phương tiện giao thông đường bộ và đường sắt... Nghị định cũng bổ sung quy định về phương tiện động lực chuyên dùng đường sắt.
Các sửa đổi, bổ sung này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 02/03/2012.