Đối với việc bảo đảm an toàn thực phẩm biến đổi gen, Chính phủ giao Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chịu trách nhiệm: Cấp, thu hồi Giấy Xác nhận sinh vật biến đổi gen đủ điều kiện sử dụng làm thực phẩm; lập và công bố Danh mục sinh vật biến đổi gen được cấp Giấy Xác nhận sinh vật biến đổi gen đủ điều kiện sử dụng làm thực phẩm; thành lập, quy định chức năng, nhiệm vụ và cơ chế hoạt động của Hội đồng An toàn sinh vật biến đổi gen và sản phẩm của sinh vật biến đổi gen dùng làm thực phẩm.
Bên cạnh đó, Nghị định quy định: Việc cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm được thực hiện đối với từng cơ sở sản xuất, kinh doanh; từng nhà máy sản xuất độc lập tại một số địa điểm, trừ các trường hợp sản xuất ban đầu nhỏ lẻ, kinh doanh thực phẩm nhỏ lẻ, bán hàng rong, kinh doanh thực phẩm bao gói sẵn không yêu cầu điều kiện bảo quản đặc biệt theo quy định. Các trường hợp: Tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh không hoạt động ngành nghề kinh doanh thực phẩm đã đăng ký hoặc có quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền chuyển đổi ngành nghề kinh doanh tại cơ sở cũ; cơ sở sản xuất kinh doanh thực phẩm bị tước quyền sử dụng giấy chứng nhận theo quy định của pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực an toàn thực phẩm sẽ bị thu hồi giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm.
Cũng theo đó, Nghị định quy định: Tất cả các loại thực phẩm, nguyên liệu thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến, dụng cụ, vật liệu bao gói, chứa đựng thực phẩm khi nhập khẩu vào Việt Nam phải kiểm tra tại cơ quan kiểm tra nhà nước có thẩm quyền; trừ các trường hợp: thực phẩm mang theo người nhập cảnh để tiêu dùng cá nhân trong định mức được miễn thuế nhập khẩu; thực phẩm trong túi ngoại giao, túi lãnh sự; thực phẩm quá cảnh, chuyển khấu; gửi kho ngoại quan; mẫu thử nghiệm hoặc nghiên cứu, mẫu trưng bày hội trợ, triển lãm.
Đối với việc ghi nhãn thực phẩm, Nghị định quy định: Hạn sử dụng an toàn bắt buộc phải ghi “Hạn sử dụng” hoặc “Sử dụng đến ngày” đối với thực phẩm chức năng, bổ sung, bảo vệ sức khỏe, dinh dưỡng y học, tăng cường vi chất và những thực phẩm dễ có khả năng bị hư hỏng do vi sinh vật.
Nghị định này có hiệu lực kể từ ngày 11/6/2012.