Thông tư cũng quy định cụ thể về mức phí đối với các Báo cáo đo vẽ lập bản đồ địa chất khoáng sản; Báo cáo địa chất đô thị; Báo cáo Địa chất thủy văn - Địa chất công trình; Báo cáo Địa vật lý; Tài liệu quy hoạch điều tra cơ bản địa chất về tài nguyên khoáng sản; quy hoạch thăm dò, khai thác, chế biến và sử dụng khoáng sản.
Cơ quan thu phí được giữ lại 60% số tiền thu phí hàng năm để trang trải cho việc thu phí như: Chi thanh toán cho cá nhân trực tiếp thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí; Chi phí phục vụ trực tiếp cho việc thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí; Chi sửa chữa thường xuyên, sửa chữa lớn tài sản, máy móc, thiết bị phục vụ trực tiếp cho thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí; Chi khen thưởng, phúc lợi...
Toàn bộ số tiền phí được trích theo quy định trên đây, cơ quan thu phí phải sử dụng đúng mục đích, có chứng từ hợp pháp theo chế độ quy định và quyết toán năm; nếu sử dụng không hết thì được chuyển sang năm sau để tiếp tục chi theo chế độ quy định.
Tổng số tiền thu phí thực thu được, sau khi trừ số tiền được trích theo tỷ lệ, số còn lại (40%) cơ quan thu phí phải nộp vào ngân sách nhà nước.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 01/8/2012.