Theo quy định của Thông tư, thẩm quyền thanh tra được quy định như sau: Thanh tra Chính phủ, Thanh tra cấp Bộ, Thanh tra tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Thanh tra Sở, Thanh tra cấp huyện thanh tra trách nhiệm thực hiện các quy định của pháp luật về phòng, chống tham nhũng đối với các cơ quan, tổ chức, đơn vị, cá nhân thuộc quyền quản lý của cơ quan, đơn vị mình; doanh nghiệp nhà nước do cơ quan mình quyết định thành lập.
Nội dung thanh tra bao gồm: việc thực hiện các quy định về phòng ngừa tham nhũng và việc thực hiện các quy định về phát hiện, xử lý tham nhũng.
Cụ thể: Thanh tra việc xây dựng và thực hiện chương trình, kế hoạch phòng, chống tham nhũng; thanh tra việc tuyên truyền, phổ biến chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước về phòng, chống tham nhũng; Thanh tra việc công khai, minh bạch trong mua sắm công, xây dựng cơ bản và quản lý dự án đầu tư xây dựng; Thanh tra việc công khai, minh bạch việc huy động và sử dụng các khoản đóng góp của nhân dân; Thanh tra việc công khai, minh bạch trong quản lý, sử dụng đất; Thanh tra việc công khai, minh bạch hoạt động giải quyết công việc của cơ quan, tổ chức, đơn vị, cá nhân; Thanh tra việc công khai, minh bạch trong công tác tổ chức, cán bộ; Thanh tra việc xây dựng, thực hiện các chế độ, định mức, tiêu chuẩn; Thanh tra việc thực hiện quy định về tặng quà, nhận quà tặng và nộp lại quà tặng; Thanh tra việc xử lý tin báo, giải quyết tố cáo hành vi tham nhũng; Thanh tra về chấp hành chế độ thông tin, báo cáo công tác phòng, chống tham nhũng
Nội dung công khai, minh bạch trong hoạt động tài chính, ngân sách Nhà nước được Thanh tra Chính phủ thanh tra bao gồm: Các căn cứ, nguyên tắc phân bổ, công khai số liệu dự toán và quyết toán đối với các đơn vị dự toán ngân sách; số liệu dự toán, quyết toán, khoản đóng góp và sử dụng của tổ chức, cá nhân, cơ sở xác định mức hỗ trợ và số tiền Nhà nước hỗ trợ đối với các tổ chức được Nhà nước hỗ trợ ngân sách và việc phân bổ, sử dụng ngân sách, tài sản của Nhà nước cho các dự án, chương trình mục tiêu… Thời điểm công khai được thực hiện đối với từng nội dung theo quy định cụ thể của pháp luật.
Các nội dung thanh tra nêu trên được xác định căn cứ vào yêu cầu của công tác quản lý Nhà nước và kế hoạch thanh tra việc thực hiện các quy định của pháp luật về phòng, chống tham nhũng, cơ quan có thẩm quyền tiến hành thanh tra toàn bộ hoặc một số nội dung theo quy định của pháp luật.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 03/09/2012.