Trong đó, quy định miễn thủy lợi phí đối với toàn bộ diện tích đất nông nghiệp phục vụ nghiên cứu, sản xuất thử nghiệm, diện tích đất trồng cây hàng năm có ít nhất một vụ lúa trong năm; diện tích đất làm muối; miễn thủy lợi phí đối với toàn bộ diện tích đất nông nghiệp được Nhà nước giao hoặc công nhận cho hộ nghèo; miễn thủy lợi phí đối với diện tích đất nông nghiệp trong hạn mức giao đất nông nghiệp cho các đối tượng như: Hộ gia đình, cá nhân nông dân được Nhà nước giao hoặc công nhận đất để sản xuất nông nghiệp, bao gồm cả đất được thừa kế, cho tặng, nhận chuyển quyền sử dụng đất; Hộ gia đình, cá nhân là xã viên hợp tác xã sản xuất nông nghiệp đã nhận đất giao khoán ổn định của hợp tác xã, nông trường quốc doanh (hoặc các công ty nông nghiệp chuyển đổi từ nông trường quốc doanh) để sản xuất nông nghiệp theo quy định của pháp luật; Hộ gia đình, cá nhân là nông trường viên đã nhận đất giao khoán ổn định của nông trường quốc doanh để sản xuất nông nghiệp theo quy định của pháp luật; Hộ gia đình, cá nhân sản xuất nông nghiệp có quyền sử dụng đất nông nghiệp góp đất của mình để thành lập hợp tác xã sản xuất nông nghiệp theo quy định của Luật hợp tác xã.
Bên cạnh đó, Chính phủ cũng quyết định điều chỉnh mức thu thủy lợi phí đối với đất trồng lúa nước, đối với diện tích trồng mạ, rau, màu, cây công nghiệp ngắn ngày kể cả cây vụ đông, đối với sản xuất muối tinh; đồng thời điều chỉnh mức thu tiền nước đối với tổ chức, cá nhân sử dụng nước hoặc làm dịch vụ từ công trình thủy lợi để phục vụ cho các mục đích không phải sản xuất lương thực…
Nghị định đã bổ sung chính sách đối với các đơn vị quản lý, khai thác công trình thủy lợi và việc ngân sách nhà nước cấp bù do thực hiện miễn thủy lợi phí. Theo đó, đơn vị quản lý khai thác công trình thủy lợi làm nhiệm vụ cấp, tưới tiêu nước được hưởng các khoản trợ cấp, trợ giá, hỗ trợ tài chính theo quy định của pháp luật. Ngân sách trung ương thực hiện trợ cấp, trợ giá và các khoản hỗ trợ tài chính cho các đơn vị quản lý khai thác công trình thủy lợi trung ương. Ngân sách địa phương thực hiện, trợ cấp, trợ giá; và các khoản hỗ trợ tài chính cho các đơn vị quản lý, khai thác công trình thủy lợi địa phương.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2013 và thay thế Nghị định số 115/2008/NĐ-CP ngày 14 tháng 11 năm 2008 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 143/2003/NĐ-CP ngày 28 tháng 11 năm 2003 quy định chi tiết một số điều của Pháp lệnh khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi.