Nghị định quy định các khung phạt đối với từng loại VPHC về ATTP, cụ thể mức phạt tiền như sau: Phạt từ 03 - 05 triệu đồng đối với hành vi sử dụng thịt hoặc sản phẩm chế biến từ thịt chưa qua kiểm tra vệ sinh thú y hoặc không đạt yêu cầu để chế biến; phạt từ 10 - 15 triệu đồng đối với hành vi sử dụng nguyên liệu không đảm bảo ATTP hoặc không rõ nguồn gốc, xuất xứ…
Riêng đối với các vi phạm về sử dụng hóa chất trong sản xuất, chế biến, thực phẩm, Nghị định quy định mức phạt khá nặng với khung phạt từ 15 - 20 triệu đồng đối với hành vi sử dụng hóa chất không rõ nguồn gốc, quá hạn sử dụng hoặc không có hạn sử dụng; phạt từ 30 - 50 triệu đồng đối với hành vi sử dụng hóa chất bị cấm sử dụng. Đối với các vi phạm về ATTP ở mức độ nghiêm trọng, nếu mức tiền phạt cao nhất của khung tiền phạt thấp hơn 7 lần giá trị thực phẩm vi phạm tại thời điểm vi phạm nhưng số tiền phạt không quá 100 triệu đồng thì phạt tiền bằng 7 lần giá trị thực phẩm vi phạm. Ngoài xử phạt tiền thì tùy theo tính chất, mức độ vi phạm, tổ chức, cá nhân vi phạm còn có thể bị áp dụng một hoặc các hình thức xử phạt bổ sung như tước quyền sử dụng Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm, Giấy tiếp nhận bản công bố hợp quy; tịch thu tang vật, phương tiện để vi phạm hành chính về an toàn thực phẩm… hoặc các biện pháp khắc phục hậu quả như: Buộc khắc phục tình trạng ô nhiễm môi trường, lây lan dịch bệnh do VPHC gây ra; buộc thu hồi, tiêu hủy hoặc tái chế đối với thực phẩm, nguyên liệu, dụng cụ vi phạm…
Nghị định này làm hết hiệu lực một phần của Nghị định số 45/2005/NĐ-CP ngày 06/04/2005, và có hiệu lực thi hành kể từ ngày 25/12/2012.