Theo đó, hàng hoá nông sản chưa qua chế biến thuộc do các doanh nghiệp, hộ kinh doanh, cá nhân Việt Nam hỗ trợ đầu tư, trồng tại các tỉnh của Campuchia nhập khẩu để làm nguyên liệu sản xuất hàng hoá tại Việt Nam (thuộc Danh mục kèm Thông tư này) được miễn thuế nhập khẩu và không thuộc đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng; các trường hợp chỉ mua lại sản phẩm hoặc đầu tư tại các tỉnh của Campuchia không giáp biên giới với Việt nam không thuộc đối tượng áp dụng của Thông tư.
Các doanh nghiệp Việt Nam khi làm thủ tục miễn thuế nhập khẩu phải có đầy đủ các hồ sơ, gồm: công văn đề nghị miễn thuế nhập khẩu của doanh nghiệp, trong đó ghi cụ thể số lượng, chủng loại, trị giá hàng hoá nhập khẩu: Nộp 01 bản chính; văn bản xác nhận cho phép đầu tư của cơ quan có thẩm quyền tại Campuchia nơi doanh nghiệp Việt Nam đầu tư: Nộp 01 bản chụp kèm 01 bản dịch tiếng Việt có đóng dấu và xác nhận của doanh nghiệp; hợp đồng hoặc Thoả thuận ký kết với phía Campuchia về việc hỗ trợ đầu tư, trồng và nhận lại nông sản: Nộp 01 bản chụp; chứng từ liên quan đến việc hỗ trợ đầu tư, trồng nông sản tại các tỉnh của Campuchia giáp biên giới Việt nam (nếu có)...
Căn cứ hồ sơ nêu trên, cơ quan hải quan (nơi đơn vị nhập khẩu hàng) kiểm tra, đối chiếu với hàng hoá thực tế nhập khẩu để xử lý miễn thuế nhập khẩu cho từng lô hàng nhập khẩu, đồng thời xác nhận “Hàng miễn thuế” trên Tờ khai hàng hoá nhập khẩu.
Các hộ kinh doanh, cá nhân Việt Nam trước khi nhập khẩu hàng hoá thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu phải đăng ký danh mục hàng nhập khẩu miễn thuế tại Chi cục Hải quan quản lý cửa khẩu thuộc các tỉnh giáp biên giới Việt Nam - Campuchia. Khi nhập khẩu hàng hoá phải có đầy đủ các hồ sơ, gồm: công văn đề nghị miễn thuế nhập khẩu của hộ kinh doanh, cá nhân, trong đó ghi cụ thể số lượng, chủng loại, trị giá hàng hoá nhập khẩu: Nộp 01 bản chính; phiếu theo dõi, trừ lùi (01 bản) cho từng hộ kinh doanh, cá nhân được xây dựng theo từng năm do cơ quan hải quan cửa khẩu cấp theo danh sách hộ kinh doanh, cá nhân đầu tư, trồng tại các tỉnh của Campuchia giáp biên giới Việt Nam của UBND cấp tỉnh nơi hộ kinh doanh, cá nhân cư trú công bố hàng năm.
Cơ quan hải quan căn cứ hồ sơ nêu trên và danh sách hộ kinh doanh, cá nhân hỗ trợ đầu tư, trồng tại các tỉnh của Campuchia giáp biên giới Việt Nam do UBND cấp tỉnh nơi hộ kinh doanh, cá nhân cư trú công bố hàng năm, kiểm tra, đối chiếu với hàng hoá thực tế nhập khẩu để xử lý miễn thuế nhập khẩu cho từng lô hàng nhập khẩu, đồng thời xác nhận “Hàng miễn thuế” trên Tờ khai hàng hoá nhập khẩu.
Trường hợp doanh nghiệp, hộ kinh doanh, cá nhân nhập khẩu hàng hoá đã được xử lý miễn thuế nhập khẩu, nếu phát hiện hàng không thuộc đối tượng được miễn thuế nhập khẩu sẽ bị truy thu và xử phạt theo quy định của pháp luật.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 31 tháng 12 năm 2012, thay thế Thông tư số 61/2006/TT-BTC ngày 29/6/2006 và Thông tư số 16/2011/TT-BTC ngày 09/02/2011 của Bộ Tài chính về việc sửa đổi, bổ sung Thông tư số 61/2006/TT-BTC ngày 29/6/2006 của Bộ Tài chính.