Theo Nghị định, đối tượng chịu phí là nước thải công nghiệp và nước thải sinh hoạt; người nộp phí là tổ chức, cá nhân xả nước thải công nghiệp và nước thải sinh hoạt ra môi trường.
Nghị định quy định 06 trường hợp thuộc đối tượng không chịu phí bảo vệ môi trường gồm:
1. Nước xả ra từ các nhà máy thuỷ điện, nước tuần hoàn trong các cơ sở sản xuất, chế biến mà không thải ra môi trường;
2. Nước biển dùng vào sản xuất muối xả ra;
3. Nước thải sinh hoạt của hộ gia đình ở địa bàn đang được Nhà nước thực hiện chế độ bù giá để có giá nước phù hợp với đời sống kinh tế - xã hội;
4. Nước thải sinh hoạt của hộ gia đình ở các xã thuộc vùng nông thôn và những nơi chưa có hệ thống cấp nước sạch;
5. Nước làm mát thiết bị, máy móc không trực tiếp tiếp xúc với các chất gây ô nhiễm, có đường thoát riêng;
6. Nước mưa tự nhiên chảy tràn.
Mức thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt được tính theo tỷ lệ phần trăm trên giá bán của 1m3 nước sạch, nhưng tối đa không quá 10% giá bán nước sạch chưa bao gồm thuế giá trị gia tăng. Đối với nước thải sinh hoạt thải ra từ các tổ chức, hộ gia đình tự khai thác nước để sử dụng (trừ hộ gia đình ở những nơi chưa có hệ thống cấp nước sạch) thì Hội đồng nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định mức phí áp dụng đối với các tổ chức, hộ gia đình sử dụng nước, tương ứng với số phí trung bình một người sử dụng nước từ hệ thống nước sạch phải nộp tại địa phương.
Mức thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp gồm hai loại: nước thải không chứa kim loại nặng và nước thải chứa kim loại nặng.
Tổ chức thu phí: Mức thu phí BVMT đối với nước thải công nghiệp được chia thành 2 nhóm: Nước thải không chứa kim loại nặng và nước thải chứa kim loại nặng. Mức phí cố định đối với nước thải công nghiệp tối đa không quá 2.500.000 đồng/năm. Ngoài mức phí cố định này, cơ sở sản xuất, chế biến có khối lượng nước thải từ 30 m3/ngày đêm trở lên thì phải nộp thêm chi phí biến đổi tính theo hàm lượng đối với 02 chất gây ô nhiễm là nhu cầu ô xy hóa học (COD) và chất rắn lơ lửng (TSS) theo khung lần lượt từ 1.000 đồng/kg đến 3.000 đồng/kg và từ 1.200 đồng/kg - 3.200 đồng/kg. Đối với nước thải chứa kim loại nặng thì ngoài mức phí biến đổi nói trên thì mức phí cố định còn phải nhân thêm với hệ số K (từ 2 đến 21) tùy thuộc vào lượng nước thải có chứa kim loại nặng của các cơ sở sản xuất, chế biến theo Danh mục lĩnh vực, ngành sản xuất có nước thải chứa kim loại nặng do Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định tính theo m3/ngày đêm.
Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2013.