Theo đó, ngoài hai hình thức khai thuế điện tử đã được quy định trước đây là khai thuế trên cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế và khai thuế bằng các phần mềm công cụ hỗ trợ khai thuế thì Thông tư này còn quy định thêm một hình khai thuế khác là thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN (tổ chức cung cấp dịch vụ giá trị gia tăng về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế và cơ quan thuế cấp Giấy công nhận). Tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN phải có trách nhiệm chuyển hồ sơ thuế điện tử đến cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế chậm nhất là 2h/1lần kể từ khi nhận được hồ sơ thuế điện tử của người nộp thuế.
Ngoài ra, Thông tư cũng bổ sung điều kiện thực hiện thu, nộp thuế điện tử đối với các ngân hàng thương mại. Cụ thể, bên cạnh việc thỏa mãn yêu cầu của pháp luật về giao dịch điện tử; có dịch vụ ngân hàng điện tử đảm bảo ghi nhận và truyền tải được đầy đủ thông tin về nộp thuế của người nộp thuế, thì các ngân hàng thương mại còn phải đáp ứng thêm điều kiện đã Đã tham gia phối hợp thu ngân sách nhà nước; có phần mềm ứng dụng thu ngân sách nhà nước qua mạng và các giải pháp kỹ thuật về an toàn, bảo mật thông tin nộp thuế của người nộp thuế theo quy định tham gia phối hợp thu ngân sách nhà nước hiện hành.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 01/06/2013.