Theo đó, tổ chức, cá nhân Việt Nam và nước ngoài khi có đơn đề nghị cơ quan quản lý nhà nước hoặc tổ chức, cá nhân được cơ quan nhà nước có thẩm quyền giao thực hiện cấp giấy phép trong lĩnh vực chăn nuôi thì phải nộp lệ phí; khi được kiểm tra, đánh giá chất lượng lô hàng thức ăn chăn nuôi xuất, nhập khẩu thì phải nộp phí theo hướng dẫn tại Thông tư này.
Cơ quan quản lý nhà nước về chăn nuôi và tổ chức, cá nhân được cơ quan nhà nước có thẩm quyền giao thực hiện cấp giấy phép trong lĩnh vực chăn nuôi có nhiệm vụ tổ chức thu, nộp và quản lý, sử dụng phí, lệ phí trong lĩnh vực chăn nuôi.
Mức thu cụ thể như sau: Lệ phí cấp giấy phép xuất, nhập khẩu tinh, phôi giống vật nuôi; giống vật nuôi; môi trường pha chế, bảo tồn tinh, phôi giống vật nuôi; cấp giấy phép trao đổi quốc tế gen vật nuôi quý hiếm là 120.000 đồng/lần/giống. Lệ phí cấp giấy phép đăng ký thức ăn chăn nuôi sản xuất trong nước vào danh mục thức ăn chăn nuôi được phép lưu hành tại Việt Nam; đăng ký lại thức ăn chăn nuôi vào danh mục thức ăn chăn nuôi được phép lưu hành tại Việt Nam là 120.000 đồng/ký mã hiệu/sản phẩm...
Ngoài ra, Bộ Tài chính cũng quy định mức phí Phí kiểm tra, đánh giá chất lượng lô hàng thức ăn chăn nuôi xuất, nhập khẩu bằng 0,095% giá trị lô hàng (1lần/lô), nhưng tối thiểu là 285.000 đồng, tối đa không quá 9.500.000 đồng...
Đối với các hoạt động khác trong lĩnh vực chăn nuôi liên quan đến đánh giá sự phù hợp không thu phí mà thực hiện thu theo cơ chế giá dịch vụ theo quy định tại Nghị định số 132/2008/NĐ-CP ngày 31/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Chất lượng sản phẩm hàng hoá.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/06/2013.