Người nộp lệ phí theo quy định tại Thông tư này gồm: Tổ chức đề nghị cấp, cấp lại, thay đổi nội dung Giấy phép thành lập, Giấy đăng ký hoạt động của Trung tâm trọng tài, Giấy đăng ký hoạt động đối với Chi nhánh của Trung tâm trọng tài; Tổ chức trọng tài nước ngoài đề nghị cấp, cấp lại, thay đổi nội dung Giấy phép thành lập, Giấy đăng ký hoạt động Chi nhánh, Giấy phép thành lập Văn phòng đại diện của Tổ chức trọng tài nước ngoài tại Việt Nam.
Mức thu lệ phí quy định như sau: Đối với Trung tâm trọng tài, lệ phí cấp Giấy phép thành lập là 03 triệu đồng; cấp Giấy đăng ký hoạt động là 1,5 triệu đồng; cấp thay đổi nội dung Giấy phép thành lập hoặc thay đổi nội dung Giấy đăng ký hoạt động là 01 triệu đồng. Mức thu lệ phí cấp Giấy đăng ký hoạt động đối với Chi nhánh của Trung tâm trọng tài là 1,5 triệu đồng; thay đổi nội dung Giấy đăng ký hoạt động của Chi nhánh là 01 triệu đồng. Đối với Chi nhánh của Tổ chức trọng tài nước ngoài tại Việt Nam, lệ phí cấp Giấy phép thành lập là 6,5 triệu đồng, thay đổi nội dung Giấy phép thành lập là 02 triệu đồng. Lệ phí cấp Giấy phép thành lập Văn phòng đại diện của Tổ chức trọng tài nước ngoài tại Việt Nam là 02 triệu đồng, Lệ phí cấp lại Giấy phép thành lập hoặc Giấy đăng ký hoạt động là 500.000 đồng.
Bộ Tư pháp thực hiện cấp, cấp lại Giấy phép thành lập của Trung tâm trọng tài; Giấy phép thành lập của Chi nhánh, Văn phòng đại diện của Tổ chức trọng tài nước ngoài tại Việt Nam; thay đổi nội dung Giấy phép thành lập Trung tâm trọng tài; Chi nhánh, Văn phòng đại diện Tổ chức trọng tài nước ngoài tại Việt Nam và thu lệ phí.
Sở Tư pháp thực hiện cấp, cấp lại, thay đổi nội dung giấy đăng ký hoạt động của Trung tâm trọng tài; cấp lại, thay đổi nội dung Chi nhánh của Tổ chức trọng tài nước ngoài tại Việt Nam; đăng ký hoạt động Chi nhánh của Trung tâm trọng tài và thu lệ phí.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/6/2013. Bãi bỏ Thông tư số 01/2005/TT-BTC ngày 04/01/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng lệ phí cấp phép, thay đổi nội dung giấy phép, đăng ký hoạt động Trung tâm trọng tài, đăng ký hoạt động Chi nhánh của Trung tâm trọng tài và lệ phí Toà án liên quan đến trọng tài.