Theo đó, Thông tư quy định miễn thủy lợi phí đối với toàn bộ diện tích đất nông nghiệp phục vụ nghiên cứu, sản xuất thử nghiệm, diện tích đất trồng cây hàng năm có ít nhất một vụ lúa trong năm; diện tích đất làm muối và toàn bộ diện tích đất nông nghiệp được Nhà nước giao; đất nông nghiệp được giao cho hộ nghèo. Đồng thời, miễn thủy lợi phí đối với cả diện tích đất nông nghiệp trong hạn mức giao đất nông nghiệp cho các đối tượng hộ gia đình, cá nhân như: Nông dân được Nhà nước giao hoặc công nhận đất để sản xuất nông nghiệp, bao gồm cả đất được thừa kế, cho tặng, nhận chuyển quyền sử dụng đất; xã viên hợp tác xã sản xuất nông nghiệp đã nhận đất giao khoán ổn định của hợp tác xã, nông trường quốc doanh; nông trường viên đã nhận đất giao khoán ổn định của nông trường quốc doanh...
Ngoài ra, miễn thủy lợi phí đối với cả diện tích đất nông nghiệp trong hạn mức giao đất nông nghiệp cho các đối tượng hộ gia đình, cá nhân như: Nông dân được Nhà nước giao hoặc công nhận đất để sản xuất nông nghiệp, bao gồm cả đất được thừa kế, cho tặng, nhận chuyển quyền sử dụng đất; xã viên hợp tác xã sản xuất nông nghiệp đã nhận đất giao khoán ổn định của hợp tác xã, nông trường quốc doanh; nông trường viên đã nhận đất giao khoán ổn định của nông trường quốc doanh...
Cũng theo Thông tư này, UBND cấp tỉnh, căn cứ vào quy hoạch hệ thống công trình thủy lợi của tỉnh đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, kết cấu hệ thống công trình thủy lợi; quy trình và biện pháp tưới, tiêu; diện tích đất canh tác được tưới tiêu, ban hành mức thu thủy lợi phí đối với từng diện tích, biện pháp tưới tiêu để lập dự toán kinh phí cấp bù thủy lợi phí được miễn và mức trần phí dịch vụ thủy lợi nội đồng...
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 26/05/2013 và thay thế Thông tư số 36/2009/TT-BTC ngày 26/02/2009.