So với Thông tư số 212/2010/TT-BTC ngày 21/12/2010 của Bộ Tài chính cùng quy định về vấn đề này, thì Thông tư số 127/2013/TT-BTC có quy định mới trong việc quản lý và sử dụng tiền lệ phí. Theo đó, Thông tư số 212/2010/TT-BTC quy định toàn bộ số tiền lệ phí thu được, sau khi trừ số tiền mua biển số theo mức giá Bộ tài chính quy định trong từng thời kỳ thì số tiền còn lại được trích một phần cho cơ quan công an thực hiện việc thu phí và một phần nộp vào Ngân sách nhà nước. Nhưng theo Thông tư mới ban hành, toàn bộ số tiền lệ phí thu được sẽ được nộp vào Ngân sách nhà nước.
Mức thu lệ phí cấp giấy đăng ký và biển số phương tiện giao thông vẫn giữ nguyên như Thông tư trước đó. Cụ thể, việc cấp mới giấy đăng ký kèm theo biển số: đối với ô tô trừ ô tô con dưới 10 chỗ ngồi kể cả lái xe không hoạt động kinh doanh vận tải hành khách thì mức phí tại khu vực I là 150.000 đến 200.000, khu vực II và khu vực III là 150.000; đối với ô tô con dưới 10 chỗ ngồi kể cả lái xe không hoạt động kinh doanh vận tải hành khách thì mức phí là từ 2.000.000 đến 20.000.000 ở khu vực I, 1.000.000 ở khu vực II và 200.000 ở khu vực III; đối với sơ mi rơ móc đăng ký rời, rơ móc thì khu vực I là 100.000 đến 200.000, khu vực II và khu vực III là 100.000; đối với xe máy thì giao động từ 500.000 đến 4000.000 đồng ở khu vực I, từ 50.000 đến 800.000 đồng ở khu vực II và 50.000 ở khu vực III, tùy giá trị mỗi loại xe. Riêng xe máy 3 bánh chuyên dùng cho người tàn tật thì mức giá là 50.000 đồng cho mỗi khu vực. Trường hợp cấp lại hoặc đổi giấy đăng ký kèm theo biển số: đối với ô tô, trừ ô tô con dưới 10 chỗ ngồi kể cả lái xe không hoạt động kinh doanh vận tải khách di chuyển từ khu vực có mức thu thấp về khu vực có mức thu cao thì lệ phí là 150.000 đồng, sơ mi rơ móc đăng ký rời là 100.000 đồng, xe máy là 50.000 đồng. Trường hợp cấp lại hoặc đổi giấy đăng ký không kèm theo biển số ô tô, xe máy thì mức lệ phí là 30.000 đồng. Nếu cấp giấy đăng ký và biển số tạm thời, đóng lại số khung số máy thì mức giá là 50.000 đồng. Tùy vào tình hình thực tế của địa phương mà Hội đồng nhân dân Thành phố Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh ban hành từng mức thu cụ thể.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/11/2013, thay thế Thông tư số 212/2003/TT-BTC ngày 21.12.2003 của Bộ Tài chính.