Theo Thông tư, tổ chức, cá nhân khi nộp hồ sơ đề nghị thẩm định cấp, cấp lại giấy phép hoạt động điều trị nghiện các chất dạng thuốc phiện bằng thuốc thay thế phải nộp phí thẩm định; tổ chức, cá nhân khi được cấp, cấp lại giấy phép hoạt động điều trị nghiện các chất dạng thuốc phiện bằng thuốc thay thế phải nộp lệ phí cấp giấy phép hoạt động.
Phí thẩm định cấp, cấp lại (do bị thu hồi) Giấy phép hoạt động là 4.300.000 đồng/lần; phí thẩm định cấp lại do bị mất hoặc hư hỏng Giấy phép hoạt động là 1.500.000 đồng/lần; lệ phí cấp, cấp lại giấy phép hoạt động là 350.000 đồng/giấy.
Sở Y tế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương là cơ quan thu phí, lệ phí theo quy định tại Thông tư này, được trích 80% số tiền phí thu được trước khi nộp vào ngân sách nhà nước để trang trải cho các nội dung chi quy định tại Nghị định số 24/2006/NĐ-CP ngày 06/3/2006 của Chính phủ và nộp vào ngân sách nhà nước số tiền còn lại (20%) theo Chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành. Nộp toàn bộ số tiền lệ phí thu được (100%) vào ngân sách nhà nước theo Chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 16 tháng 12 năm 2013.