Nghị định quy định cụ thể về trách nhiệm quản lý nhà nước về quyền đối với giống cây trồng; trình tự thủ tục xác lập quyền đối với giống cây trồng; quyền và nghĩa vụ của chủ bằng bảo hộ và tác giả giống cây trồng; chuyển giao, chuyển nhượng quyền đối với giống cây trồng được bảo hộ; đại diện quyền đối với giống cây trồng.
Theo đó, giống cây trồng được chọn tạo hoặc phát hiện và phát triển toàn bộ bằng ngân sách nhà nước thì tổ chức trực tiếp chọn tạo hoặc phát hiện và phát triển giống cây trồng đó được Nhà nước giao quyền chủ sở hữu; là chủ đơn đăng ký bảo hộ quyền đối với giống cây trồng và được thực hiện quyền của chủ bằng bảo hộ quy định tại Điều 186 Luật Sở hữu trí tuệ.
Giống cây trồng được chọn tạo hoặc phát hiện và phát triển bằng nhiều nguồn vốn, trong đó có một phần từ ngân sách nhà nước thì tổ chức được Nhà nước giao sử dụng vốn trực tiếp tham gia chọn tạo hoặc phát hiện và phát triển giống cây trồng đó được giao quyền chủ sở hữu đối với phần vốn nhà nước và thực hiện quyền nộp đơn đăng ký bảo hộ tương ứng với tỷ lệ góp vốn của Nhà nước.
Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quyết định cấp bằng bảo hộ giống cây trồng đối với giống cây trồng đăng ký bảo hộ đáp ứng các điều kiện quy định tại Điều 159, 161, 162 của Luật Sở hữu trí tuệ và khoản 19, 20 Điều 1 của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Sở hữu trí tuệ. Trong thời hạn ba mươi (30) ngày, kể từ ngày ký, Quyết định cấp bằng bảo hộ phải công bố trên tạp chí chuyên ngành về giống cây trồng của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Sau ba mươi (30) ngày, kể từ ngày quyết định cấp bằng bảo hộ giống cây trồng được công bố trên tạp chí chuyên ngành về giống cây trồng, nếu không nhận được ý kiến phản đối hoặc khiếu nại bằng văn bản về việc cấp bằng, cơ quan bảo hộ giống cây trồng tiến hành cấp bằng bảo hộ giống cây trồng cho người nộp đơn và vào sổ đăng ký quốc gia về giống cây trồng được bảo hộ.
Trong thời hạn ba mươi (30) ngày, kể từ ngày quyết định cấp bằng bảo hộ giống cây trồng được công bố trên tạp chí chuyên ngành về giống cây trồng, nếu cơ quan bảo hộ giống cây trồng nhận được ý kiến phản đối hoặc khiếu nại bằng văn bản về việc cấp bằng bảo hộ giống cây trồng thì phải xử lý kịp theo quy định tại Điều 184 của Luật Sở hữu trí tuệ.
Bằng bảo hộ giống cây trồng chỉ được cấp một (01) bản. Người nộp đơn phải nộp các khoản phí và lệ phí cho việc cấp bằng bảo hộ giống cây trồng theo quy định. Trường hợp bằng bảo hộ bị rách, hỏng, mất hoặc đổi chủ sở hữu, chủ sở hữu bằng bảo hộ giống cây trồng có quyền yêu cầu cấp lại hoặc đổi và phải trả phí theo quy định.
Nghị định cũng quy định chủ bằng bảo hộ có các nghĩa vụ như trả thù lao cho tác giả giống cây trồng theo thỏa thuận giữa chủ bằng bảo hộ và tác giả giống cây trồng hoặc bằng 35% số tiền thu được ghi trên hợp đồng chuyển giao, chuyển nhượng quyền đối với giống cây trồng sau khi nộp thuế theo quy định hoặc theo quy chế nội bộ nếu là cây trồng được chọn tạo hoặc phát hiện và phát triển bằng nguồn ngân sách nhà nước. Các đồng tác giả sẽ được trả mức thù lao chung và tự thỏa thuận việc phân chia số thù lao này. Nghĩa vụ trả thù lao cho tác giả giống cây trồng tồn tại trong suốt thời hạn bảo hộ, trừ trường hợp giống cây trồng đó đã được chuyển nhượng.