Để công tác chỉ đạo các hoạt động của Đề án đạt hiệu quả, thống nhất, ở Trung ương Ban Điều hành Đề án được kiện toàn và thực hiện theo Quy chế hoạt động. Ở địa phương, Ủy ban nhân dân các tỉnh đã quan tâm chỉ đạo thành lập Ban Chỉ đạo thực hiện Đề án tại tỉnh, thành phố và phân công đơn vị chủ trì xây dựng, tổ chức triển khai thực hiện Đề án, hầu hết do lãnh đạo Ủy ban nhân dân tỉnh làm Trưởng ban, lãnh đạo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn làm Phó ban.
Với vai trò là cơ quan chủ trì Đề án, năm qua Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã ban hành nhiều văn bản chỉ đạo, hướng dẫn tổ chức thực hiện Đề án; ban hành Chỉ thị tăng cường triển khai thực hiện Đề án giai đoạn 2013-2016 và Kế hoạch thực hiện Đề án giai đoạn 2013-2016. Bộ cũng đã tổ chức hội nghị trực tuyến tổng kết Đề án 554 giai đoạn 2009-2012.
Xác định đội ngũ cán bộ làm công tác tuyên truyền, phổ biến pháp luật đóng vai trò nòng cốt trong việc truyền tải các quy định của pháp luật có liên quan mật thiết tới đời sống của người dân nông thôn và đồng bào dân tộc thiểu số nên công tác xây dựng nguồn lực cán bộ làm phổ biến pháp luật được quan tâm, trong năm 2013 đã tổ chức 04 lớp đào tạo, bồi dưỡng cho 125 cán bộ, công chức làm công tác phổ biến pháp luật về nông nghiệp và phát triển nông thôn tại Cao Bằng, Gia Lai, Sóc Trăng...
Việc tuyên truyền, phổ biến pháp luật cho người nông dân thực hiện bằng nhiều hình thức phù hợp, như: Tổ chức quán triệt, phổ biến tại các hội nghị, sao gửi các văn bản, tài liệu, lồng ghép việc phổ biến tại các hội nghị tập huấn, các cuộc họp, giao ban; lồng ghép với việc quán triệt chủ trương, chính sách của Đảng và nhà nước tới cán bộ, công chức, người dân nông thôn, đồng bào dân tộc thiểu số thuộc phạm vi quản lý của cơ quan, đơn vị mình; tuyên truyền qua các phương tiện thông tin đại chúng như Báo Nông nghiệp Việt Nam, hệ thống loa truyền thanh cấp xã của các địa phương; đặc biệt trong năm qua Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã tổ chức 01 cuộc thi tìm hiểu pháp luật bằng hình thức sân khấu hóa tại Hà Nội.
Nội dung phổ biến pháp luật tập trung tuyên truyền các lĩnh vực trồng trọt, bảo vệ thực vật, chăn nuôi, thú y, lâm nghiệp, bảo vệ phát triển rừng, thủy sản, thủy lợi, đê điều, kinh tế hợp tác và phát triển nông nghiệp... Bên cạnh đó các quy định về bình đẳng giới, hôn nhân gia đình, phòng, chống bạo lực gia đình, buôn bán phụ nữ trẻ em, ma túy, mại dâm và các quy định khác có liên quan đến quyền và nghĩa vụ của phụ nữ nông thôn và phụ nữ dân tộc thiểu số được chú trọng tuyên truyền. Một số địa phương đã tổ chức triển khai thực hiện Đề án có chất lượng như: Cần Thơ tổ chức 23 lớp bồi dưỡng cho 1.316 cán bộ làm công tác tuyên truyền phổ biến pháp luật; phát hành 53.630 tờ gấp, 12.740 sách hỏi đáp, 7.020 sổ tay pháp luật, 6.550 tin bài...; Vĩnh Long tổ chức 9 lớp bồi dưỡng cho 841 cán bộ làm công tác tuyên tuyên phổ biến pháp luật, đưa 4.920 tin bài trên báo, đài…
Để đánh giá toàn diện và nắm bắt tình hình triển khai các hoạt động của Đề án, kết thúc năm 2013, các cơ quan chủ trì Đề án đã chủ động phối hợp với các cơ quan liên quan tổ chức kiểm tra việc thực hiện Đề án tại một số địa phương như Phú Thọ, Cao Bằng, Gia Lai…