Thông tư này không áp dụng đối với hoạt động khám bệnh, chữa bệnh nhân đạo do Bộ Quốc phòng tổ chức và các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh chữ thập đỏ tham gia khám bệnh, chữa bệnh cho đối tượng bảo hiểm y tế và khám bệnh, chữa bệnh có thu tiền dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh.
Theo đó, khám bệnh, chữa bệnh nhân đạo là hoạt động khám bệnh, chữa bệnh và cấp phát thuốc miễn phí hoàn toàn cho người bệnh. Người chịu trách nhiệm chuyên môn kỹ thuật của đoàn khám bệnh, chữa bệnh nhân đạo phải là bác sĩ, có chứng chỉ hành nghề khám, chữa bệnh do Bộ Y tế hoặc Sở Y tế cấp với phạm vi hoạt động chuyên môn ghi trong chứng chỉ hành nghề phù hợp với danh mục kỹ thuật chuyên môn mà đoàn đã đăng ký và đã có thời gian hành nghề khám, chữa bệnh ít nhất là 36 tháng. Nếu thực hiện khám bệnh, chữa bệnh nhân đạo bằng y học cổ truyền thì người đó phải là lương y hoặc người có bài thuốc gia truyền hoặc người có phương pháp chữa bệnh gia truyền có chứng chỉ hành nghề do Bộ Y tế hoặc Sở Y tế cấp theo quy định.
Đối với các thành viên khác của đoàn, Thông tư quy định, phải có chứng chỉ hành nghề nếu muốn trực tiếp tham gia khám, chữa bệnh. Trường hợp thành viên không thuộc diện phải có chứng chỉ hành nghề theo quy định của pháp luật thì phải có văn bằng, chứng chỉ phù hợp với phạm vi chuyên môn được phân công. Nếu đoàn có thực hiện cấp phát thuốc thì người cấp phát thuốc phải có bằng cấp chuyên môn tối thiểu là dược tá hoặc bác sĩ có chứng chỉ hành nghề.
Bên cạnh đó, Thông tư cũng quy định chi tiết về điều kiện cấp Giấy phép hoạt động đối với cơ sở khám, chữa bệnh nhân đạo; điều kiện về cơ sở vật chất, trang thiết bị y tế, thuốc đối với đoàn khám, chữa bệnh nhân đạo trong nước và điều kiện đối với đoàn, cá nhân nước ngoài thực hiện khám bệnh, chữa bệnh nhân đạo... Trong đó, lưu ý điều kiện cấp phép hoạt động có quy định biển hiệu của cơ sở khám, chữa bệnh phải ghi rõ là cơ sở khám bệnh, chữa bệnh nhân đạo.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/10/2014, thay thế Thông tư số 01/2002/TT-BYT ngày 06/02/2002.