Theo đó, mục tiêu đến năm 2020, ngành thủy sản cơ bản được công nghiệp hóa - hiện đại hoá và tiếp tục phát triển toàn diện theo hướng bền vững, thành một ngành sản xuất hàng hóa lớn, có cơ cấu và các hình thức tổ chức sản xuất hợp lý, có năng suất, chất lượng, hiệu quả, có thương hiệu uy tín, có khả năng cạnh tranh cao và hội nhập vững chắc vào kinh tế thế giới. Đồng thời từng bước nâng cao trình độ dân trí, đời sống vật chất và tinh thần của ngư dân, gắn với bảo vệ môi trường sinh thái và quốc phòng, an ninh vùng biển, đảo của Tổ quốc. Kinh tế thủy sản đóng góp 30 - 35% GDP trong khối nông - lâm - ngư nghiệp, tốc độ tăng giá trị sản xuất ngành thủy sản từ 8 - 10%/năm. Kim ngạch xuất khẩu thủy sản đạt 8 - 9 tỷ USD. Tổng sản lượng thủy sản đạt 6,5 - 7 triệu tấn, trong đó nuôi trồng chiếm 65 - 70% tổng sản lượng. Tạo việc làm cho 5,0 triệu lao động nghề cá có thu nhập bình quân đầu người cao gấp 3 lần so với hiện nay; trên 40% tổng số lao động nghề cá qua đào tạo. Xây dựng các làng cá ven biển, hải đảo thành các cộng đồng dân cư giàu truyền thống tương thân, tương ái, có đời sống văn hóa tinh thần đậm đà bản sắc riêng.
Về định hướng phát triển khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản, Chiến lược quy định tập trung nghiên cứu điều tra nguồn lợi, dự báo ngư trường phục vụ khai thác hải sản; phát triển nguồn nhân lực có chất lượng cao cho các hoạt động nghiên cứu nguồn lợi và tổ chức khai thác hải sản trên biển. Tổ chức lại sản xuất khai thác hải sản trên biển, trên cơ sở cơ cấu lại tàu thuyền, nghề nghiệp phù hợp với các vùng biển, tuyến biển, với môi trường tự nhiên, nguồn lợi hải sản. Hiện đại hóa công tác quản lý nghề cá trên biển, đặc biệt sớm hoàn thiện hệ thống thông tin tàu cá nhằm chủ động cảnh báo, kịp thời ứng phó với các tai nạn, rủi ro trên biển, cứu hộ cứu nạn. Tăng cường bảo vệ, hỗ trợ đảm bảo an toàn cho ngư dân hoạt động trên biển. Xây dựng lực lượng kiểm ngư đủ mạnh để bảo vệ nguồn lợi gắn với bảo vệ ngư dân và quốc phòng an ninh trên biển và hải đảo…
Về định hướng nuôi trồng thủy sản vùng nước ngọt, Chiến lược quy định ổn định diện tích nuôi các loài cá truyền thống trên các vùng nông thôn, miền núi, vùng sâu, vùng xa để tăng nguồn thực phẩm, tạo việc làm, tăng thu nhập cho các hộ gia đình nông dân, đồng bào miền núi, góp phần thiết thực xóa đói giảm nghèo. Không ngừng đổi mới cơ cấu, nâng cao chất lượng các đối tượng nuôi, các giống thủy đặc sản (lươn, ếch, baba, tôm càng xanh, cá chình, rô phi, …) và các giống thủy sản mới (cá nước lạnh, cá cảnh …) phục vụ xuất khẩu, du lịch và thị trường nội địa. Tập trung triển khai áp dụng tiêu chuẩn GlobalGAP đối với sản xuất cá tra công nghiệp vùng đồng bằng sông Cửu Long. Đối với nuôi trồng thủy sản nước mặn, phát triển nuôi biển thành một lĩnh vực sản xuất quy mô công nghiệp tạo khối lượng sản phẩm lớn phục vụ xuất khẩu, du lịch và tiêu thụ nội địa. Áp dụng các tiêu chuẩn kỹ thuật và công nghệ tiên tiến, công nghệ cao vào sản xuất giống, tập trung nguồn lực để tạo nguồn giống sạch bệnh, trước hết đối với tôm sú, tôm chân trắng và cá tra…
Đối với định hướng phát triển vùng đồng bằng sông Cửu Long, Chiến lược này nêu rõ tiếp tục phát triển mạnh nuôi trồng thủy sản theo chiều sâu. Chuyển một phần diện tích nuôi thủy sản quảng canh sang bán thâm canh, thâm canh quy mô công nghiệp ở những nơi có điều kiện thuận lợi. Áp dụng các công nghệ, mô hình nuôi tiên tiến, tiêu chuẩn mới (GAP, BMP, CoC) gắn với bảo vệ môi trường sinh thái. Trước mắt, tập trung áp dụng và nhân rộng tiêu chuẩn GlobalGAP đối với công nghiệp sản xuất cá tra. Phát triển các mô hình nuôi trên biển và ven các đảo…
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có trách nhiệm chỉ đạo việc thực hiện Chiến lược phát triển thủy sản Việt Nam đến năm 2020 đạt mục tiêu đề ra; chủ trì tổ chức xây dựng và trình cấp có thẩm quyền phê duyệt Quy hoạch tổng thể phát triển ngành thủy sản đến năm 2020, tầm nhìn 2030, các quy hoạch phát triển ngành thủy sản theo các lĩnh vực sản xuất chuyên ngành và các quy hoạch phát triển thủy sản theo các vùng kinh tế - sinh thái trên phạm vi cả nước.