Theo đó, có 107 loài cây trồng thuộc Danh mục loài cây trồng được bảo hộ tại Việt Nam.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 29/9/2015 và thay thế các Quyết định và Thông tư sau: Quyết định số 1213/QĐ-BNN-TT ngày 8/4/2002 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về việc ban hành Danh mục 05 loài cây trồng được bảo hộ; Quyết định số 68/2004/QĐ-BNN ngày 24/11/2004 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về việc bổ sung 10 loài cây trồng vào Danh mục loài cây trồng được bảo hộ; Quyết định số 56/2007/QĐ -BNN ngày 12/6/2007 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về việc bổ sung 12 loài cây trồng vào Danh mục loài cây trồng được bảo hộ và phân công đơn vị thực hiện khảo nghiệm DUS; Quyết định số 103/2007/QĐ-BNN ngày 24/12/2007 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về việc bổ sung 10 loài cây trồng được bảo hộ và phân công đơn vị thực hiện khảo nghiệm DUS; Quyết định số 98/2008/QĐ-BNN ngày 09/10/2008 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về việc bổ sung 15 loài cây trồng vào Danh mục loài cây trồng được bảo hộ và phân công đơn vị thực hiện khảo nghiệm DUS; Thông tư số 33/2009/TT-BNNPTNT của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ngày 10/6/2009 về việc bổ sung 11 loài cây trồng vào Danh mục loài cây trồng được bảo hộ; Thông tư số 21/2010/TT-BNNPTNT của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ngày 05/4/2010 về việc bổ sung 05 loài cây trồng vào Danh mục loài cây trồng được bảo hộ; Thông tư số 11/2013/TT-BNNPTNT của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ngày 06/02/2013 về việc Ban hành Danh mục bổ sung 21 loài cây trồng được bảo hộ.