Việc cấp mã số doanh nghiệp được thực hiện tự động theo phương thức điện tử trên Hệ thống đăng ký thuế của Tổng cục Thuế được thực hiện ngay trong ngày làm việc kể từ khi nhận hồ sơ đầy đủ, hợp lệ từ Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp. Căn cứ thông tin giao dịch điện tử về doanh nghiệp đăng ký thành lập mới do Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp truyền sang, Hệ thống Đăng ký thuế của Tổng cục Thuế tự động thực hiện kiểm tra tính đầy đủ, chính xác, hợp pháp của các thông tin liên quan trên hồ sơ đăng ký doanh nghiệp theo các quy định của Luật Doanh nghiệp và Luật Quản lý thuế. Trường hợp thông tin không đầy đủ hoặc không theo đúng quy định, hệ thống sẽ tự động tạo thông báo; truyền thông tin sang Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp để cơ quan đăng ký kinh doanh thông báo cho doanh nghiệp biết, điều chỉnh và bổ sung theo quy định.
Việc phân công cơ quan thuế trực tiếp quản lý doanh nghiệp được thực hiện trên Hệ thống đăng ký thuế đồng thời với cấp mã số doanh nghiệp. Cơ quan thuế căn cứ thông tin của người nộp thuế trên hồ sơ đăng ký thành lập doanh nghiệp do cơ quan đăng ký kinh doanh truyền sang qua hình thức điện tử để thực hiện phân công cơ quan thuế quản lý đối với doanh nghiệp và phải phù hợp với tổ chức hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp; phù hợp với năng lực quản lý của cơ quan thuế các cấp, các quy định của Luật Ngân sách nhà nước về thẩm quyền quản lý, phân cấp nguồn thu tại địa phương và phù hợp với các quy định của Luật Quản lý thuế hiện hành; phù hợp với tổ chức hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp, đặc điểm của từng địa phương, vùng, miền trên cả nước. Cục Thuế sẽ quản lý trực tiếp đối với các doanh nghiệp Nhà nước; doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài; doanh nghiệp dự án BOT, BTO, BT do nhà đầu tư thành lập để thiết kế, xây dựng, vận hành, quản lý công trình dự án và để thực hiện dự án khác; doanh nghiệp hạch toán toàn ngành, doanh nghiệp hoạt động trên nhiều địa bàn; doanh nghiệp có quy mô kinh doanh lớn và doanh nghiệp có hoạt động kinh doanh thuộc ngành, nghề đặc thù, có tính chất pháp lý phức tạp như tài chính, ngân hàng, bảo hiểm, chứng khoán, kinh doanh bất động sản, kế toán, hoạt động pháp luật, khai khoáng. Chi cục Thuế trực tiếp quản lý các doanh nghiệp còn lại có địa điểm hoạt động sản xuất kinh doanh trên địa bàn cấp huyện.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 10/10/2015.