Quy chế này quy định về tổ chức và hoạt động của trường phổ thông dân tộc nội trú bao gồm: tổ chức và quản lý nhà trường; nhiệm vụ, quyền hạn của hiệu trưởng, phó hiệu trưởng, giáo viên, nhân viên và học sinh; tuyển sinh và tổ chức hoạt động giáo dục; áp dụng đối với các trường PTDTNT, tổ chức và cá nhân có liên quan.
Trường phổ thông dân tộc nội trú được tổ chức và hoạt động theo các quy định của Điều lệ trường trung học cơ sở, trường trung học phổ thông và trường phổ thông có nhiều cấp học (sau đây gọi chung là Điều lệ trường trung học) và các quy định tại Quy chế này.
Trường phổ thông dân tộc nội trú có cơ sở vật chất, thiết bị theo quy định tại Điều lệ trường trung học hiện hành và đảm bảo tiêu chí của trường chuẩn quốc gia, ngoài ra còn có các hạng mục sau: Khu nội trú có diện tích sử dụng tối thiểu 6m2/học sinh; Phòng ở nội trú, nhà ăn cho học sinh và các trang thiết bị kèm theo; Nhà công vụ cho giáo viên; Nhà sinh hoạt, giáo dục văn hóa dân tộc với các thiết bị kèm theo; Phòng học và thiết bị giáo dục hướng nghiệp, dạy nghề phổ thông, nghề truyền thống của các dân tộc phù hợp với địa phương.
Cơ cấu tổ chức của trường phổ thông dân tộc nội trú gồm: Ngoài các tổ quy định tại Điều lệ trường trung học hiện hành, trường phổ thông dân tộc nội trú được thành lập thêm không quá 03 tổ để thực hiện các lĩnh vực công tác giáo dục đặc thù của nhà trường như: quản lý học sinh nội trú; chăm sóc và nuôi dưỡng học sinh nội trú; tư vấn tâm lý, giáo dục kĩ năng sống cho học sinh nội trú. Việc thành lập các tổ của trường do hiệu trưởng nhà trường quyết định. Mỗi lớp học của trường phổ thông dân tộc nội trú có không quá 35 học sinh.
Thẩm quyền thành lập, cho phép hoạt động giáo dục cũng được quy định rất rõ ràng. Cụ thể: Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định thành lập trường phổ thông dân tộc nội trú cấp tỉnh và trường phổ thông dân tộc nội trú cấp huyện.
Giám đốc sở giáo dục và đào tạo quyết định cho phép hoạt động giáo dục đối với trường phổ thông dân tộc nội trú cấp tỉnh và trường phổ thông dân tộc nội trú cấp huyện (có cấp THPT). Trưởng phòng giáo dục và đào tạo quyết định cho phép hoạt động giáo dục đối với trường phổ thông dân tộc nội trú cấp huyện đào tạo cấp THCS.
Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày 02/03/2016 và thay thế Quyết định số 49/2008/QĐ-BGDĐT, Thông tư số 06/2009/TT-BGDĐT của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo về Quy chế tổ chức và hoạt động của trường phổ thông dân tộc nội trú