Thông tư này hướng dẫn chi tiết về việc trao đổi thông tin giữa Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp và Hệ thống thông tin thuế, bao gồm thông tin về đăng ký doanh nghiệp, tình hình hoạt động, báo cáo tài chính của doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định tại Luật Doanh nghiệp.
Theo đó, các thông tin trao đổi bao gồm: Hệ thống danh mục dùng chung; Thông tin đăng ký thành lập doanh nghiệp, đăng ký hoạt động đơn vị trực thuộc; Thông tin đăng ký thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp, nội dung đăng ký hoạt động đơn vị trực thuộc; Thông tin về tình hình hoạt động của doanh nghiệp, đơn vị trực thuộc, thông tin về việc vi phạm pháp luật về thuế của người thành lập, quản lý doanh nghiệp; Thông tin về báo cáo tài chính của doanh nghiệp. Các trường hợp vi phạm pháp luật của người thành lập, quản lý doanh nghiệp được cảnh báo trên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp bao gồm:
- Người thành lập, người quản lý doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự, đã bị cơ quan Thuế chuyển cơ quan điều tra.
- Doanh nghiệp có người thành lập, người quản lý doanh nghiệp mà trước đó là người thành lập, người quản lý của doanh nghiệp đã bị cơ quan thuế thông báo không còn kinh doanh ở địa chỉ đã đăng ký.
- Chủ doanh nghiệp tư nhân, thành viên hợp danh công ty hợp danh vi phạm quy định tại Điều 175, Điều 183 Luật doanh nghiệp.
Việc trao đổi thông tin doanh nghiệp được thực hiện thông qua mạng điện tử kết nối giữa Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp và Hệ thống thông tin thuế. Trong trường hợp cần thiết theo nhu cầu quản lý và sử dụng thông tin hoặc do yếu tố kỹ thuật, các bên có thể trao đổi thông tin qua thư điện tử (email), truyền tập tin (file) dữ liệu điện tử hoặc các hình thức khác. Việc trao đổi thông tin được thực hiện tự động theo thời gian thực tế; trong các trường hợp cụ thể, để phục vụ công tác quản lý nhà nước, Tổng cục Thuế và Cục Quản lý đăng ký kinh doanh có thể thỏa thuận để thống nhất về thời gian và tần suất trao đổi thông tin.
Thông tư quy định, đầu mối trao đổi thông tin ở Trung ương là Tổng cục Thuế và Cục Quản lý đăng ký kinh doanh; ở địa phương là Cục Thuế, Chi cục Thuế và phòng Đăng ký kinh doanh. Tổng cục Thuế và Cục Quản lý đăng ký kinh doanh phối hợp vận hành Hệ thống thông tin thuế và Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp để thực hiện quy trình trao đổi thông tin đăng ký doanh nghiệp, thông tin về tình hình hoạt động của doanh nghiệp và thông tin về báo cáo tài chính của doanh nghiệp.
Thông tư liên tịch cũng quy định, báo cáo tài chính năm của công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty hợp danh, doanh nghiệp tư nhân; báo cáo tài chính hợp nhất năm của nhóm công ty sẽ do cơ quan thuế tiếp nhận, lưu trữ tại Hệ thống thông tin báo cáo tài chính và được truyền sang Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp. Định kỳ hàng tháng, Hệ thống thông tin báo cáo tài chính của Tổng cục Thuế truyền toàn bộ dữ liệu mới được cập nhật về thông tin báo cáo tài chính năm của các doanh nghiệp sang Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp.
Riêng đối với trường hợp cấp đăng ký doanh nghiệp theo quy trình dự phòng tại Điều 12 Nghị định số 78/2015/NĐ-CP và trường hợp công ty Nhà nước chuyển đổi thành công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên hoặc công ty cổ phần, không thực hiện trao đổi thông tin giữa Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp và Hệ thống thông tin thuế.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/04/2016.