Nghị định quy định rõ tự chủ về tài chính của các tổ chức khoa học và công nghệ công lập trên. Cụ thể, nguồn tài chính của tổ chức khoa học và công nghệ công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư và tổ chức khoa học và công nghệ công lập tự bảo đảm chi thường xuyên gồm nguồn thu từ hoạt động khoa học và công nghệ, sản xuất, kinh doanh, liên doanh, liên kết và nguồn thu hợp pháp khác; nguồn thu phí theo pháp luật về phí, lệ phí được để lại để chi hoạt động thường xuyên và chi mua sắm, sửa chữa lớn trang thiết bị, tài sản phục vụ công tác thu phí; nguồn thu từ ngân sách nhà nước nếu được cơ quan có thẩm quyền giao để thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ, nhiệm vụ thường xuyên theo chức năng, dịch vụ sự nghiệp công; nguồn thu từ ngân sách nhà nước để thực hiện các nhiệm vụ không thường xuyên nếu được cơ quan có thẩm quyền giao; nguồn vốn vay, viện trợ, tài trợ theo quy định hiện hành.
Nguồn tài chính đối với tổ chức khoa học và công nghệ công lập tự bảo đảm một phần chi thường xuyên và tổ chức khoa học và công nghệ công lập do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên gồm: nguồn thu từ ngân sách nhà nước để thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ, nhiệm vụ thường xuyên theo chức năng, dịch vụ sự nghiệp công; nguồn thu từ ngân sách nhà nước để thực hiện các nhiệm vụ không thường xuyên; nguồn thu phí theo pháp luật về phí, lệ phí được để lại để chi hoạt động thường xuyên và chi mua sắm, sửa chữa lớn trang thiết bị, tài sản phục vụ công tác thu phí; nguồn vốn vay, viện trợ, tài trợ theo quy định hiện hành; nguồn thu từ hoạt động khoa học và công nghệ, hoạt động sản xuất, kinh doanh, liên doanh, liên kết và nguồn thu khác theo quy định hiện hành.
Về chính sách ưu đãi, tổ chức khoa học và công nghệ công lập được vận dụng cơ chế tài chính như doanh nghiệp thì được hưởng ưu đãi về thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp và ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp như đối với doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư thuộc lĩnh vực công nghệ cao, nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ. Cụ thể, tổ chức khoa học công nghệ công lập được áp dụng thuế suất 10% trong thời gian 15 năm; được miễn thuế tối đa không quá 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa không quá 09 năm tiếp theo.
Bên cạnh ưu đãi về thuế, tổ chức khoa học và công nghệ công lập còn được hưởng các chính sách ưu đãi về tín dụng, trong đó: Được hưởng chính sách ưu đãi về tín dụng đầu tư của Ngân hàng Phát triển Việt Nam; được vay vốn từ Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ quốc gia, Quỹ đổi mới công nghệ quốc gia, Quỹ phát triển khoa học và công nghệ ở các bộ, ngành, địa phương và các quỹ khác… Đồng thời, tổ chức khoa học và công nghệ công lập có hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ được vay vốn của các tổ chức tín dụng, huy động vốn của công chức, viên chức trong đơn vị để đầu tư mở rộng và nâng cao chất lượng hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ phù hợp với chức năng, nhiệm vụ…
Nghị định này không áp dụng đối với tổ chức khoa học và công nghệ công lập là cơ sở giáo dục đại học
Nghi định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/8/2016.