Theo quy định của Thông tư, Cơ quan chủ quản chỉ đạo đơn vị trực thuộc chuẩn bị Đề xuất chương trình, dự án sử dụng vốn ODA, vốn vay ưu đãi căn cứ vào các nội dung sau: Nhu cầu vốn ODA, vốn vay ưu đãi để hỗ trợ thực hiện quy hoạch, kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội 05 năm và hằng năm của cơ quan chủ quản; chủ trương, chính sách và những lĩnh vực ưu tiên thu hút và sử dụng dụng vốn ODA, vốn vay ưu đãi theo quy định của pháp luật và định hướng hợp tác và lĩnh vực ưu tiên cung cấp vốn ODA, vốn vay ưu đãi của nhà tài trợ nước ngoài do Bộ Kế hoạch và Đầu tư thông báo.
Cơ quan chủ quản chỉ đạo đơn vị trực thuộc đề xuất chương trình, dự án được chuẩn bị theo Phụ lục II của Nghị định số
16/2016/NĐ-CP. Trong đó một số nội dung cần làm rõ như: “Nhà tài trợ nước ngoài dự kiến”: Trường hợp dự kiến được nhà tài trợ nước ngoài, cơ quan chủ quản cung cấp thông tin, tài liệu và bằng chứng (nếu có) liên quan tới chương trình, dự án được đề xuất như Bản ghi nhớ giữa cơ quan chủ quản và nhà tài trợ nước ngoài, báo cáo hoặc tài liệu nghiên cứu có liên quan khác; “Dự kiến tổng vốn, thời gian của chương trình, dự án”: Tổng vốn của chương trình, dự án đề xuất (vốn ODA, vốn vay ưu đãi và vốn đối ứng) được tính toán sơ bộ dựa trên những định mức chung hoặc căn cứ vào chương trình, dự án tương tự đã thực hiện hoặc dựa trên tài liệu tham khảo khác trong và ngoài nước; “Đề xuất và cơ sở đề xuất cơ chế tài chính trong nước”: Cấp phát vốn ODA, vốn vay ưu đãi từ ngân sách nhà nước hoặc cho vay lại vốn ODA, vốn vay ưu đãi (đề xuất tỷ lệ % vay lại vốn vay ODA, vốn vay ưu đãi).
Ngoài ra, Thông tư cũng quy định về việc lựa chọn hình thức tổ chức quản lý chương trình, dự án, cụ thể: Hình thức tổ chức, quản lý chương trình, dự án thực hiện theo văn kiện chương trình, dự án đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt hoặc theo quy định của Điều ước quốc tế cụ thể, thỏa thuận về vốn ODA, vốn vay ưu đãi đã ký kết với nhà tài trợ nước ngoài.
Trường hợp văn kiện chương trình, dự án hoặc Điều ước quốc tế cụ thể có thỏa thuận về vốn ODA, vốn vay ưu đãi không quy định hình thức tổ chức, quản lý chương trình, dự án thì người quyết định đầu tư căn cứ vào tính chất, quy mô, lĩnh vực, khu vực thực hiện, điều kiện thực hiện chương trình, dự án và năng lực tổ chức, quản lý thực hiện chương trình, dự án của chủ dự án để quyết định hình thức tổ chức, quản lý chương trình, dự án phù hợp theo quy định tại
Điều 37 của Nghị định số 16/2016/NĐ-CP và hướng dẫn tại Điều 12 của Thông tư này.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 22/9/ 2016.