Nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác: Nông nghiệp và phát triển nông thôn, tài nguyên và môi trường, giao thông vận tải, công thương, xây dựng, lao động thương binh và xã hội, tư pháp, sự nghiệp khác. Nghị định không điều chỉnh đối với các đơn vị sự nghiệp công lập trong các lĩnh vực: Y tế; giáo dục đào tạo; dạy nghề; văn hóa thể thao và du lịch; thông tin truyền thông và báo chí; khoa học và công nghệ.
Theo đó, đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác do cơ quan có thẩm quyền của Nhà nước thành lập theo quy định của pháp luật, có tư cách pháp nhân, cung cấp dịch vụ sự nghiệp công, phục vụ quản lý nhà nước được tự chủ về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy và tự chủ về nhân sự: chủ động xây dựng kế hoạch hoạt động cho phù hợp với chức năng, nhiệm vụ, khả năng của đơn vị theo quy định của pháp luật; quyết định các biện pháp thực hiện nhiệm vụ theo kế hoạch của đơn vị, kế hoạch của cơ quan cấp trên giao, đảm bảo chất lượng, tiến độ; quyết định thành lập; tổ chức lại, giải thể các đơn vị không thuộc cơ cấu tổ chức các đơn vị cấu thành theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền, khi đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật; xây dựng phương án sắp xếp lại các đơn vị cấu thành trình cơ quan có thẩm quyền quyết định; quyết định số lượng người làm việc; đơn vị tự bảo đảm một phần chi thường xuyên đề xuất số lượng người làm việc của đơn vị trình cơ quan có thẩm quyền quyết định.
Đối với đơn vị do ngân sách Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên, đề xuất số lượng người làm việc trên cơ sở định biên bình quân 05 năm trước và không cao hơn số định biên hiện có của đơn vị, trình cơ quan có thẩm quyền quyết định.
Về giá dịch vụ sự nghiệp công : đối với dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước được xác định giá dịch vụ sự nghiệp công theo cơ chế thị trường, quyết định khoản thu, mức thu bảo đảm bù đắp chi phí hợp lý, có tích lũy theo quy định; đối với dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước được xác định trên cơ sở định mức kinh tế - kỹ thuật, định mức chi phí do cơ quan có thẩm quyền ban hành và lộ trình tính đủ chi phí theo quy định: đến năm 2016, giá dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách Nhà nước sẽ tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp, chưa tính chi phí quản lý và chi phí khấu hao tài sản cố định; đến năm 2018, giá dịch vụ sự nghiệp công tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp và chi phí quản lý, chưa tính chi phí khấu hao tài sản cố định; đến năm 2020, sẽ tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp, chi phí quản lý và chi phí khấu hao tài sản cố định.
Cũng theo Nghị định này, đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư được tự vận dụng cơ chế tài chính như doanh nghiệp khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện như: Hoạt động dịch vụ sự nghiệp công có điều kiện xã hội hóa cao, Nhà nước không cần bao cấp; Giá dịch vụ sự nghiệp công tính đủ chi phí (bao gồm cả trích khấu hao tài sản cố định); Được Nhà nước xác định giá trị tài sản và giao vốn cho đơn vị quản lý theo quy định; Hạch toán kế toán theo quy định của các chuẩn mực kế toán áp dụng cho doanh nghiệp.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20/12/2016.