Nghị định quy định các trường hợp không áp dụng mức thuế suất thuế giá trị gia tăng 0% bao gồm: chuyển giao công nghệ, chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ ra nước ngoài; dịch vụ ra nước ngoài như: tái bảo hiểm, cấp tín dụng, chuyển nhượng vốn, đầu tư chứng khoán, dịch vụ tài chính phái sinh; dịch vụ bưu chính, viễn thông; sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản có nguồn gốc trong nước gồm: Khoáng sản kim loại; khoáng sản không kim loại; dầu thô; khí thiên nhiên; khí than; hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho cá nhân không đăng ký kinh doanh trong khu phi thuế quan; thuốc lá, rượu, bia nhập khẩu sau đó xuất khẩu.
Sua đổi, bổ sung về quy định hoàn thuế giá trị gia tăng: Theo đó, cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo từng năm. Mặt khác, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng. Ngoài ra, dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện thì sẽ không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo
Nghị định cũng quy định, người nộp thuế chậm nộp tiền thuế so với thời hạn quy định, thời hạn gia hạn nộp thuế, thời hạn ghi trong thông báo của cơ quan quản lý thuế hoặc thời hạn trong quyết định xử lý của cơ quan quản lý thuế thì phải nộp đủ tiền thuế và tiền chậm nộp theo mức bằng 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp thay cho mức 0,05%/ngày theo quy định trước đó. Đối với các khoản nợ tiền thuế phát sinh trước ngày 01/07/2016 mà người nộp thuế chưa nộp vào ngân sách Nhà nước, kể cả khoản tiền nợ thuế được truy thu qua kết quả thanh tra, kiểm tra của cơ quan có thẩm quyền thì được chuyển sang áp dụng mức tính tiền chậm nộp theo tỷ lệ quy định tại khoản này từ ngày 01/07/2016.
Trong thời gian nộp dần tiền thuế nợ, người nộp thuế vẫn phải nộp tiền chậm nộp theo mức 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp; đồng thời, phải có trách nhiệm nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp đã cam kết.
Bên cạnh đó, Chính phủ cũng khẳng định sẽ miễn, giảm thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế tài nguyên, thuế thu nhập cá nhân cho người nộp thuế bị thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ không có khả năng nộp thuế theo quy định của pháp luật; miễn thuế sử dụng đất phi nông nghiệp, thuế sử dụng đất nông nghiệp, tiền thuê đất, thuê mặt nước, lệ phí trước bạ cho người nộp thuế theo quy định của pháp luật; miễn thuế đối với hộ gia đình, cá nhân có số thuế sử dụng đất phi nông nghiệp phải nộp hàng năm từ 50.000 đồng trở xuống.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/07/2016.