Theo quy định của Thông tư, các loại tài khoản của Kho bạc Nhà nước bao gồm: Tài khoản thanh toán tổng hợp của Sở Giao dịch Kho bạc Nhà nước mở tại Sở Giao dịch Ngân hàng Nhà nước Việt Nam; Tài khoản thanh toán tổng hợp của Sở Giao dịch Kho bạc Nhà nước mở tại ngân hàng thương mại ở Trung ương; Tài khoản thanh toán của Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh mở tại Ngân hàng Nhà nước chi nhánh tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trên cùng địa bàn tỉnh (nếu có); Tài khoản thanh toán của các đơn vị Kho bạc Nhà nước mở tại ngân hàng thương mại và Tài khoản chuyên thu của các đơn vị Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh, cấp huyện mở tại ngân hàng thương mại trên cùng địa bàn tỉnh, huyện. Trường hợp tại địa bàn huyện nơi kho bạc nhà nước cấp huyện đóng trụ sở không có ngân hàng thương mại đã tham gia thanh toán song phương điện tử với kho bạc nhà nước, thì kho bạc nhà nước cấp huyện được mở 01 tài khoản thanh toán bằng VNĐ tại một ngân hàng thương mại khác địa bàn huyện nơi thuận tiện giao dịch nhất và đã tham gia thanh toán song phương điện tử với kho bạc nhà nước hoặc tại một ngân hàng thương mại trên cùng địa bàn huyện chưa tham gia thanh toán song phương điện tử với kho bạc nhà nước (đối với những địa bàn huyện ở vùng sâu, vùng xa).
Việc thu, chi, thanh toán, đối chiếu số liệu đối với tài khoản thanh toán tổng hợp của Sở Giao dịch Kho bạc Nhà nước mở tại Sở Giao dịch Ngân hàng Nhà nước Việt Nam và tài khoản thanh toán của Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh mở tại Ngân hàng Nhà nước chi nhánh tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương được thực hiện theo quy định của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam. Việc thu, chi, thanh toán, đối chiếu số liệu và quyết toán cuối ngày đối với tài khoản thanh toán tổng hợp, tài khoản thanh toán và tài khoản chuyên thu của các đơn vị Kho bạc Nhà nước tại các ngân hàng thương mại được thực hiện theo thỏa thuận về quy trình thanh toán song phương điện tử giữa Kho bạc Nhà nước và từng hệ thống ngân hàng thương mại.
Thông tư quy định việc trả lãi tiền gửi và thu phí dịch vụ thanh toán. Việc trả lãi đối với số dư tài khoản và thu phí đối với các khoản thanh toán trên tài khoản của các đơn vị KBNN được thực hiện theo quy định tại Nghị định số 24/2016/NĐ-CP ngày 05 tháng 4 năm 2016 của Chính phủ quy định chế độ quản lý ngân quỹ nhà nước. Đối với tài khoản của các đơn vị KBNN mở tại Việt Nam, các khoản thanh toán lãi và phí hàng tháng được tính, xác nhận và hạch toán theo quy định của NHNN Việt Nam. Đối với tài khoản của các đơn vị KBNN mở tại NHTM, các khoản thanh toán lãi và phí hàng tháng được tính, xác nhận và hạch toán thông qua tài khoản của KBNN tại NHTM nơi mở tài khoản và được báo nợ/báo có, kèm theo bảng kê tính lãi và phí thông qua thanh toán song phương điện tử.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/01/2017. Bãi bỏ Quyết định số 1163 TC/QĐ/KBNN ngày 16 /11/1995 của Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Quy định về việc mở và sử dụng tài khoản tiền gửi của KBNN tại ngân hàng