Theo Thông tư này, các doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ chuyển phát nhanh đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; các cơ quan, tổ chức, thương nhân, cá nhân có hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh đường bộ và các cơ quan, tổ chức, thương nhân, cá nhân liên quan khác khi thực hiện xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh hàng hóa qua dịch vụ chuyển phát nhanh đường bộ trên các tuyến đường từ Việt Nam đến Trung Quốc và ngược lại qua cửa khẩu quốc tế Hữu Nghị - tỉnh Lạng Sơn; từ Việt Nam đến Lào / Thái Lan / Singapore / Malaysia và ngược lại qua cửa khẩu quốc tế Lao Bảo - tỉnh Quảng Trị / cửa khẩu quốc tế Cầu Treo - tỉnh Hà Tĩnh; từ Việt Nam đến Campuchia và ngược lại qua cửa khẩu quốc tế Mộc Bài - tỉnh Tây Ninh phải làm thủ tục hải quan tại các địa điểm làm thủ tục hải quan do Chi cục Hải quan Bắc Hà Nội, Chi cục Hải quan cửa khẩu sân bay quốc tế Đà Nẵng, Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế Tân Sơn Nhất thực hiện. Phương tiện vận chuyển hàng hóa xuất cảnh, nhập cảnh được làm thủ tục hải quan tại các cửa khẩu do Chi cục Hải quan tại các cửa khẩu Hữu Nghị, Cầu Treo, Lao Bảo và Mộc Bài thực hiện.
Hàng hóa nhập khẩu được phân thành 3 luồng:
- Luồng 1 (dán giấy màu xanh) gồm hàng hóa nhập khẩu là tài liệu, chứng từ thương mại hàng hóa nhập khẩu được hưởng chế độ ưu đãi miễn trừ theo quy định của pháp luật; hàng hóa nhập khẩu không phải nộp thuế. Hàng hóa luồng này được miễn kiểm tra thực tế hàng hóa. Trường hợp xét thấy cần thiết thì lãnh đạo Chi cục Hải quan quyết định kiểm tra xác suất theo tỷ lệ từ 1% đến 5% của cả luồng hàng.
- Luồng 2 (dán giấy màu vàng) gồm hàng hóa nhập khẩu phải nộp thuế có giá khai báo đến 20 triệu đồng. Hàng hóa luồng này thực hiện kiểm tra thực tế 100% hàng hóa bằng thiết bị máy soi hàng. Trường hợp xét thấy cần thiết thì lãnh đạo Chi cục Hải quan quyết định kiểm tra xác suất theo tỷ lệ từ 3% đến 5% của cả luồng hàng bằng biện pháp thủ công.
- Luồng 3 (dán giấy màu đỏ) bao gồm hàng hóa nhập khẩu thuộc danh mục quản lý chuyên ngành, nhập khẩu có điều kiện, có giá trị khai báo trên 20 triệu đồng. Hàng hóa luồng này thực hiện kiểm tra thực tế 100% hàng hóa bằng biện pháp thủ công. Riêng đối với hàng hóa nhập khẩu theo loại hình đầu tư, gia công, sản xuất xuất khẩu, kinh doanh thì việc kiểm tra thực tế hàng hóa thực hiện theo quy định riêng của từng loại hình hàng hóa nhập khẩu.
Doanh nghiệp, cơ quan, tổ chức, cá nhân là người khai hải quan. Doanh nghiệp thay mặt chủ hàng trực tiếp làm thủ tục hải quan cho từng chuyến hàng được vận chuyển đến địa điểm làm thủ tục hải quan (trừ thư, túi ngoại giao, túi lãnh sự). Riêng hàng quà biếu tặng, hàng mẫu gửi cho tổ chức, thương nhân tại Việt Nam có giá trị tính thuế dưới 05 triệu đồng nhưng tổng số tiền thuế phải nộp dưới 50 ngàn đồng thì không phải làm thủ tục xét miễn thuế, thực hiện khai hải quan và kiểm tra hải quan theo quy định đối với hàng hóa không phải nộp thuế. Đối với hàng hoá phải nộp thuế, hàng hóa thuộc quản lý chuyên ngành, kiểm tra chất lượng nhà nước, kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm, hành lý của người xuất cảnh, nhập cảnh thì thực hiện khai hải quan riêng trên từng tờ khai hải quan cho từng lô hàng. Doanh nghiệp chịu trách nhiệm về tính chính xác các nội dung khai và đảm bảo tính thống nhất, đồng bộ về nội dung khai hải quan.
Cũng theo Thông tư này, đối với hàng hóa quá cảnh, doanh nghiệp lập bản kê hàng hóa nhập khẩu quá cảnh (gồm tên, địa chỉ người nhận, tên hàng hóa, đơn vị tính, lượng hàng hóa, trị giá). Trong trường hợp hàng nhập khẩu của nhiều chủ hàng, doanh nghiệp được phép khai hải quan chung 01 tờ khai hàng quá cảnh kèm bản kê hàng nhập khẩu quá cảnh.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 30/4/2011, bãi bỏ Quyết định số 93/2008/QĐ-BTC ngày 29/10/2008 của Bộ Tài chính.