Mức phụ cấp đặc biệt được hưởng bằng 100% so với hệ số mức lương hiện hưởng và hệ số phụ cấp giữ chức vụ trưởng phòng, phó phòng hoặc tương đương theo hạng công ty được xếp (nếu có) theo các thang lương, bảng lương.
Phụ cấp đặc biệt được tính vào quỹ lương kế hoạch hàng năm để trả cho người lao động nhưng không dùng để tính đóng, hưởng chế độ bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp.
Phụ cấp đặc biệt được tính cho những ngày thực tế làm việc của người lao động tại địa bàn Trường Sa – DKI và đảo Đá Tây và được trả cùng kỳ lương hàng tháng. Trong đó, số ngày làm việc tiêu chuẩn theo tháng của doanh nghiệp theo quy định của pháp luật lao động là số ngày công ty lựa chọn, quyết định nhưng tối đa không quá 26 ngày trong tháng. Số ngày thực tế làm việc là số ngày làm việc tại địa bàn đảo Trường Sa – DKI và đảo Đá Tây cộng với thời gian đi, về được cấp có thẩm quyền xác nhận.
Kinh phí chi trả chế độ phụ cấp đặc biệt do Nhà nước cấp để thực hiện nhiệm vụ công ích tại địa bàn Trường Sa và DKI theo kế hoạch được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn giao. Trước ngày 31/12 hàng năm, công ty lập dự toán kinh phí chế độ phụ cấp đặc biệt báo cáo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để tổng hợp vào kế hoạch chi ngân sách của cơ quan hàng năm gửi Bộ Tài chính xem xét, giải quyết.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 15/7/2011.
Chế độ phụ cấp đặc biệt quy định tại Thông tư này được thực hiện từ ngày 01/7/2011.