Trình tự thực hiện chấp thuận được quy định như sau:
Cơ quan, tổ chức, cá nhân đề nghị chấp thuận gửi 02 bộ hồ sơ trực tiếp hoặc qua hệ thống bưu chính đến Tổng cục Thuỷ lợi thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, hồ sơ bao gồm các tài liệu: Công văn đề nghị của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh; ý kiến bằng văn bản của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trình Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh về đề nghị của Chủ đầu tư; hồ sơ thiết kế kỹ thuật công trình được cấp có thẩm quyền phê duyệt bao gồm: Thuyết minh, bản vẽ mặt bằng tổng thể, mặt cắt đại diện. Đối với công trình mà phạm vi ảnh hưởng từ hai tỉnh trở lên phải có ý kiến bằng văn bản của Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh liên quan.
Trong thời hạn 15 (mười lăm) ngày làm việc, kể từ ngày nhận đầy đủ hồ sơ theo quy định, Tổng cục Thuỷ lợi xem xét hồ sơ, nếu đủ điều kiện theo quy định, Tổng cục Thuỷ lợi có ý kiến chấp thuận bằng văn bản và trả kết quả tại Tổng cục Thủy lợi hoặc qua hệ thống bưu chính; trường hợp hồ sơ không đủ điều kiện theo quy định, Tổng cục Thuỷ lợi có văn bản thông báo việc không chấp thuận xây dựng công trình và trả kết quả tại Tổng cục Thuỷ lợi hoặc qua hệ thống bưu chính. Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định hoặc cần bổ sung tài liệu, trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận hồ sơ, Tổng cục Thuỷ lợi có thông báo bằng văn bản về những nội dung chưa đầy đủ, yêu cầu bổ sung hoàn chỉnh hồ sơ.
Trình tự thẩm định được thực hiện như trình tự chấp thuận. Tuy nhiên, hồ sơ của việc thẩm định bao gồm: Tờ trình của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh theo mẫu tại Phụ lục ban hành kèm theo Thông tư; ý kiến bằng văn bản của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trình Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh về đề nghị của Chủ đầu tư; hồ sơ dự án gồm: Thuyết minh, thiết kế cơ sở, phụ lục tính toán, trong đó thể hiện những nội dung liên quan đến quy hoạch phòng chống lũ của tuyến sông có đê, quy hoạch đê điều, quy hoạch sử dụng đất, quy hoạch xây dựng được phê duyệt và kết quả tính toán; văn bản thẩm tra của đơn vị tư vấn độc lập về sự ảnh hưởng của công trình đến an toàn đê điều và thoát lũ lòng sông, cụ thể về sự giảm lưu lượng lũ thiết kế. Tương tự, với công trình mà phạm vi ảnh hưởng từ hai tỉnh trở lên phải có ý kiến bằng văn bản của Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh liên quan.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 11/8/2011.